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万見
- PDB-1l1v: UNUSUAL ACTD/DNA_TA COMPLEX STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l1v
タイトルUNUSUAL ACTD/DNA_TA COMPLEX STRUCTURE
要素
  • 5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*C)-3'
  • ACTINOMYCIN D
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / ACTINOMYCIN D / ACTINOMYCIN / ANTIBIOTIC / CHROMOPHORE / ANTI CANCER / ANTITUMOR / DEPSIPEPTIDE / MISMATCH / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性Actinomycin D / : / DNA
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Chou, S.-H. / Chin, K.-H. / Chen, F.-M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Looped Out and Perpendicular: Deformation of Watson-Crick Base Pair Associated with Actinomycin D Binding.
著者: Chou, S.H. / Chin, K.H. / Chen, F.M.
履歴
登録2002年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*C)-3'
B: ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9922
ポリマ－3,9922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area2090 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)6 / 12structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*C)-3'


分子量: 2700.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質・ペプチド ACTINOMYCIN D / DACTINOMYCIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1291.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ACTINOMYCIN D CONSISTS OF TWO PENTAMER RINGS LINKED BY THE CHROMOPHORE (PXZ)
由来: (組換発現) STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
参照: NOR: NOR00228, Actinomycin D
構成要素の詳細ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY

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試料調製

詳細内容: ACTD/DNA
試料状態イオン強度: 3 mM / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DISCOVER 97MSI精密化
VNMR 97構造決定
FELIX 97構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 216 RESTRAINTS, 180 ARE NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 30 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS, 6 DISTANCE RESTRAINTS FROM HYDROGEN BONDS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 12 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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