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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l0x | ||||||
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タイトル | TCR beta chain complexed with streptococcal superantigen SpeA | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / TCR / superantigen | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-beta T cell receptor complex / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / toxin activity / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Sundberg, E.J. / Mariuzza, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of two streptococcal superantigens bound to TCR beta chains reveal diversity in the architecture of T cell signaling complexes. 著者: Sundberg, E.J. / Li, H. / Llera, A.S. / McCormick, J.K. / Tormo, J. / Schlievert, P.M. / Karjalainen, K. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Chains A and C are not D10 TCR, genbank entry AAB41230. They are rather 14.3.d TCR, whose ...SEQUENCE Chains A and C are not D10 TCR, genbank entry AAB41230. They are rather 14.3.d TCR, whose sequence has not been deposited. The two are slightly different and hence give rise to the four SEQADV. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 489.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26568.490 Da / 分子数: 2 / 変異: N24Q, N74Q, N121Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 25803.932 Da / 分子数: 2 / 変異: C90S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40.78 Å / Num. all: 38028 / Num. obs: 26926 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.99 % / Biso Wilson estimate: 61.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2696 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.1 % / Num. measured all: 80520 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1BEC and 1B1Z 解像度: 2.8→40.78 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→40.78 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.232 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.459 / Rfactor Rwork: 0.397 / Rfactor obs: 0.397 |