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- PDB-1l0b: Crystal Structure of rat Brca1 tandem-BRCT region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l0b
タイトルCrystal Structure of rat Brca1 tandem-BRCT region
要素BRCA1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / TANDEM-BRCT / THREE-HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Processing of DNA double-strand break ends / G2/M DNA damage checkpoint / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Metalloprotease DUBs ...HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Processing of DNA double-strand break ends / G2/M DNA damage checkpoint / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Metalloprotease DUBs / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / sex-chromosome dosage compensation / random inactivation of X chromosome / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / response to genistein / nuclear ubiquitin ligase complex / chordate embryonic development / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / cellular response to indole-3-methanol / lateral element / protein K6-linked ubiquitination / XY body / mitotic G2/M transition checkpoint / DNA repair complex / postreplication repair / centrosome cycle / RNA polymerase binding / DNA-binding transcription activator activity / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / intracellular membraneless organelle / response to ionizing radiation / response to lipid / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / protein autoubiquitination / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / condensed chromosome / positive regulation of DNA repair / response to nutrient / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / chromosome segregation / cellular response to ionizing radiation / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of cell growth / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of protein import into nucleus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of angiogenesis / p53 binding / double-strand break repair / cellular response to tumor necrosis factor / response to estradiol / chromosome / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / BRCT domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site ...Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / BRCT domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer type 1 susceptibility protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joo, W.S. / Jeffrey, P.D. / Cantor, S.B. / Finnin, M.S. / Livingston, D.M. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2002
タイトル: Structure of the 53BP1 BRCT region bound to p53 and its comparison to the Brca1 BRCT structure.
著者: Joo, W.S. / Jeffrey, P.D. / Cantor, S.B. / Finnin, M.S. / Livingston, D.M. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2002年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRCA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1051
ポリマ－26,1051
非ポリマー00
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.512, 58.722, 65.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 BRCA1


分子量: 26104.854 Da / 分子数: 1 / 断片: tandem-BRCT region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O54952
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Tris-hydrochloride, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
2150 mM1reservoirNaCl
318 %(w/v)PEG80001reservoir
45 mMdithiothreitol1reservoir
575 mg/mlprotein1drop
610 mMsodium HEPES1droppH7.5
7150 mM1dropNaCl
85 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21031
31031
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.928
シンクロトロンNSLS X9A21.051
シンクロトロンNSLS X9A31.051
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2001年5月13日
MARRESEARCH2CCD2001年4月28日
MARRESEARCH3CCD2001年4月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rh-coated SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9281
21.0511
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 17223 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å
反射
*PLUS
% possible obs: 97 % / Num. measured all: 55198 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.457

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1523 0 0 177 1700
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 12529 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.203 / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.61
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.341 / Rfactor Rwork: 0.262 / Rfactor obs: 0.262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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