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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kzf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Acyl-homoserine Lactone Synthase, EsaI | ||||||
要素 | acyl-homoserinelactone synthase EsaI | ||||||
キーワード | LIGASE / alpha-beta / autoinducer synthase / acylhomoserine lactone / quorum sensing / bacterial pathogenesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyl-homoserine-lactone synthase / N-acyl homoserine lactone synthase activity / quorum sensing 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pantoea stewartii subsp. stewartii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Watson, W.T. / Minogue, T.D. / Val, D.L. / Beck von Bodman, S. / Churchill, M.E.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002 タイトル: Structural basis and specificity of acyl-homoserine lactone signal production in bacterial quorum sensing. 著者: Watson, W.T. / Minogue, T.D. / Val, D.L. / von Bodman, S.B. / Churchill, M.E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Crystallization and Rhenium MAD Phasing of the Acyl-homoserinelactone Synthase EsaI 著者: Watson, W.T. / Murphy IV, F.V. / Gould, T.A. / Jambeck, P. / Val, D.L. / Cronan JR., J.E. / Beck von Bodman, S. / Churchill, M.E.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kzf.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kzf.ent.gz | 38.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kzf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kzf_validation.pdf.gz | 368 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kzf_full_validation.pdf.gz | 370.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kzf_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kzf_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/1kzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/1kzf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26040.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pantoea stewartii subsp. stewartii (バクテリア) 生物種: Pantoea stewartii / 株: subsp. stewartii / 遺伝子: EsaI/EsaR gene cluster / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54656 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: MES, PEG 4000, 2-propanol, EDTA, NaN3, 2-mercaptoethanol, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: CARS-designed Si(111) double-bounce monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→99 Å / Num. all: 19521 / Num. obs: 19521 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 28.553 Å2 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 48.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1799 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 92 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 174794 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.195 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K4J 解像度: 1.8→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor all: 0.224 / Rfactor obs: 0.209 / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.209 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.86 Å / Rfactor Rfree: 0.296 / Rfactor Rwork: 0.251 / Rfactor obs: 0.251 |