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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kyn | ||||||
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タイトル | Cathepsin-G | ||||||
要素 | cathepsin G | ||||||
キーワード | HYDROLASE / serine protease | ||||||
機能・相同性 | Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta / Chem-KTP / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Greco, M.N. / Hawkins, M.J. / Powell, E.T. / Almond Jr., H.R. / Corcoran, T.W. / De Garavilla, L. / Kauffman, J.A. / Recacha, R. / Chattopadhyay, D. / Andrade-Gordon, P. / Maryanoff, B.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002 タイトル: Nonpeptide inhibitors of cathepsin G: optimization of a novel beta-ketophosphonic acid lead by structure-based drug design. 著者: Greco, M.N. / Hawkins, M.J. / Powell, E.T. / Almond Jr., H.R. / Corcoran, T.W. / de Garavilla, L. / Kauffman, J.A. / Recacha, R. / Chattopadhyay, D. / Andrade-Gordon, P. / Maryanoff, B.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kyn.cif.gz | 85.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kyn.ent.gz | 67.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kyn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kyn_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kyn_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1kyn_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kyn_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/1kyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/1kyn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26801.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08311, EC: 3.4.21.20 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→25 Å / Num. obs: 7354 / % possible obs: 79.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.99→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / % possible all: 75 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→14.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 1184420.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 104.618 Å2 / ksol: 0.615939 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→14.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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