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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kyc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DE NOVO DESIGNED TRIMERIC COILED-COIL PEPTIDE STABLIZED BY IONIC INTERACTIONS
要素SIN-GLU-GLU-LEU-ARG-ARG-ARG-ILE-GLU-GLU-LEU-GLU-ARG-ARG-ILE-ARG-NH2
キーワードDE NOVO PROTEIN / COILED COIL / DE NOVO DESIGN / ALPHA-HELIX / TRIMER
機能・相同性SUCCINIC ACID
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Burkhard, P. / Ivaninskii, S. / Lustig, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Improving coiled-coil stability by optimizing ionic interactions.
著者: Burkhard, P. / Ivaninskii, S. / Lustig, A.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Design of a Minimal Protein Oligomerization Domain by a Structural Approach
著者: Burkhard, P. / Meier, M. / Lustig, A.
履歴
登録2002年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年6月24日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / struct_conn ...pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIN-GLU-GLU-LEU-ARG-ARG-ARG-ILE-GLU-GLU-LEU-GLU-ARG-ARG-ILE-ARG-NH2
A: SUCCINIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3684
ポリマ－2,0571
非ポリマー3103
水41423
1
A: SIN-GLU-GLU-LEU-ARG-ARG-ARG-ILE-GLU-GLU-LEU-GLU-ARG-ARG-ILE-ARG-NH2
ヘテロ分子

A: SIN-GLU-GLU-LEU-ARG-ARG-ARG-ILE-GLU-GLU-LEU-GLU-ARG-ARG-ILE-ARG-NH2
ヘテロ分子

A: SIN-GLU-GLU-LEU-ARG-ARG-ARG-ILE-GLU-GLU-LEU-GLU-ARG-ARG-ILE-ARG-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,10312
ポリマ－6,1723
非ポリマー9319
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.386, 33.386, 65.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

SO4

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SIN-GLU-GLU-LEU-ARG-ARG-ARG-ILE-GLU-GLU-LEU-GLU-ARG-ARG-ILE-ARG-NH2


分子量: 2057.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.600 mlsatammonium sulfate1reservoir
20.300 mlwater1reservoir
31 MHEPES1reservoirpH7.5
460.0 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 2574 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Rsym value: 0.54 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.131 / % possible all: 72.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.45 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 96.9 % / Num. measured all: 47109 / Rmerge(I) obs: 0.54

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HQJ

1hqj


解像度: 1.45→30 Å / Num. parameters: 1680 / Num. restraintsaints: 2133 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 -5 %
Rwork0.166 --
obs-2574 -
Refine analyzeNum. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 1384 / Occupancy sum non hydrogen: 1815
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数138 0 17 23 178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.4
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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