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- PDB-1c75: 0.97 A "AB INITIO" CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C-553 FROM BAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c75
タイトル0.97 A "AB INITIO" CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C-553 FROM BACILLUS PASTEURII
要素CYTOCHROME C-553
キーワードELECTRON TRANSPORT / C-553 / HEME / CYTOCHROME / BACILLUS PASTEURII / AB INITIO / ATOMIC RESOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, Bacillus subtilis c550-related / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-553
類似検索 - 構成要素
生物種Sporosarcina pasteurii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Benini, S. / Ciurli, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of oxidized Bacillus pasteurii cytochrome c553 at 0.97-A resolution.
著者: Benini, S. / Gonzalez, A. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Van Beeumen, J.J. / Ciurli, S.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1999
タイトル: Cytochrome C-553 from the Alkalophilic Bacterium Bacillus Pasteurii Has the Primary Structure Characteristics of a Lipoprotein
著者: Vandenberghe, I.H.M. / Guisez, Y. / Ciurli, S. / Benini, S. / Van-Beeumen, J.J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1998
タイトル: Modulation of Bacillus Pasteurii Cytochrome C553 Reduction Potential by Structural and Solution Parameters
著者: Benini, S. / Borsari, M. / Ciurli, S. / Dikiy, A. / Lamborghini, M.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Crystals of Cytochrome C-553 from Bacillus Pasteurii Show Diffraction to 0.97 A Resolution
著者: Benini, S. / Ciurli, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S.
履歴
登録2000年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2000年3月22日ID: 1B7C
改定 1.02000年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / software / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C-553
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7342
ポリマ－7,1161
非ポリマー6191
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.144, 39.422, 44.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C-553


分子量: 7115.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN (DSM) / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 株: DSM 33 / 参照: UniProt: P82599
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: THE STRUCTURE WAS SOLVED "AB INITIO"
結晶化pH: 5
詳細: 3.2 M AMMONIUM SULPHATE IN 100 MM SODIUM CITRATE BUFFER PH 5.0
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3100 mMsodium acetate1reservoir
43.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.885
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月23日 / 詳細: SEGMENTED MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→20 Å / Num. obs: 38959 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.46 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 17.16
反射 シェル解像度: 0.97→0.99 Å / 冗長度: 2.72 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 4.18 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / 冗長度: 5.47 % / Num. measured all: 212694 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
REFMACARP (CCP4)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 0.97→20 Å / Num. parameters: 6286 / Num. restraintsaints: 7877 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
Rfactor反射数%反射
all0.1162 38898 -
obs0.1162 -99.9 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201
Refine analyzeNum. disordered residues: 14 / Occupancy sum hydrogen: 486 / Occupancy sum non hydrogen: 661.12
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数497 0 43 125 665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.117
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.095
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.064
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.117
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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