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- PDB-1kxt: Camelid VHH Domains in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kxt
タイトルCamelid VHH Domains in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase
要素
  • ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC
  • IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT
キーワードHYDROLASE / IMMUNE SYSTEM / ALPHA 8 BETA 8 / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate catabolic process / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pancreatic alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Desmyter, A. / Spinelli, S. / Payan, F. / Lauwereys, M. / Wyns, L. / Muyldermans, S. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Three camelid VHH domains in complex with porcine pancreatic alpha-amylase. Inhibition and versatility of binding topology.
著者: Desmyter, A. / Spinelli, S. / Payan, F. / Lauwereys, M. / Wyns, L. / Muyldermans, S. / Cambillau, C.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Potent enzyme inhibitors derived from dromedary heavy-chain antibodies
著者: Lauwereys, M. / Arbabi Ghahroudi, M. / Desmyter, A. / Kinne, J. / Holzer, W. / De Genst, E. / Wyns, L. / Muyldermans, S.
#2: ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 1993
タイトル: Structure and Molecular Model Refinement of Pig Pancreatic alpha-amylase at 2.1 A Resolution
著者: Qian, M. / Haser, R. / Payan, F.
履歴
登録2002年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The discrepancy between the sequence of this entry and the database reference is explained ...SEQUENCE The discrepancy between the sequence of this entry and the database reference is explained in reference 2 given above. An appropriate sequence database reference for the antibody IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT, chains B, D, and F was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC
B: IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT
C: ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC
D: IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT
E: ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC
F: IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,46912
ポリマ－206,2426
非ポリマー2276
水31,1121727
1
A: ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC
B: IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8234
ポリマ－68,7472
非ポリマー762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC
D: IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8234
ポリマ－68,7472
非ポリマー762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC
F: IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8234
ポリマ－68,7472
非ポリマー762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.780, 286.850, 65.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ALPHA-AMYLASE, PANCREATIC / 1 / 4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCANOHYDROLASE


分子量: 55462.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PANCREATIC ENZYME / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00690, alpha-amylase
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT


分子量: 13284.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
遺伝子: IGG VHH / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 20000 15%, Malate imidazole 0.2M, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris1droppH7.5
2100 mM1dropNaCl
310-15 %PEG200001reservoir
40.1-0.2 Mimidazole malate1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月20日 / 詳細: diamond
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.5 Å / Num. all: 78282 / Num. obs: 65792 / % possible obs: 50 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 7.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.14 / % possible all: 50
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 78282 / % possible obs: 51 % / Num. measured all: 456505 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.13 Å / % possible obs: 50 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 5.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FJH, PDB ENTRY 1QDO

1fjh

1qdo


解像度: 2→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2014619.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1655 2.5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all-65698 --
obs-65698 50.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.8534 Å2 / ksol: 0.37388 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.48 Å20 Å23.32 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3---1.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14439 0 6 1727 16172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 90 2.8 %
Rwork0.228 3132 -
obs--14.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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