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万見
- PDB-1fjh: THE CRYSTAL STRUCTURE OF 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fjh
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE FROM COMAMONAS TESTOSTERONI, A MEMBER OF THE SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY
要素3ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE/CARBONYL REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase / SDR / Carbonyl Reductase / Steroid / Hydroxysteroid / Xenobiotic / Metyrapone / Oligomerisation / Comamonas testosteroni
機能・相同性
機能・相同性情報


3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (Si-specific) / : / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase/carbonyl reductase / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase/carbonyl reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Grimm, C. / Ficner, R. / Maser, E. / Klebe, G. / Reuter, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of 3alpha -hydroxysteroid dehydrogenase/carbonyl reductase from Comamonas testosteroni shows a novel oligomerization pattern within the short chain dehydrogenase/reductase family.
著者: Grimm, C. / Maser, E. / Mobus, E. / Klebe, G. / Reuter, K. / Ficner, R.
履歴
登録2000年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE/CARBONYL REDUCTASE
B: 3ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE/CARBONYL REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8412
ポリマ－52,8412
非ポリマー00
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.256, 46.208, 65.320
Angle α, β, γ (deg.)106.54, 106.56, 98.75
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A by the two-fold NCS axis.

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要素

#1: タンパク質 3ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE/CARBONYL REDUCTASE / 3ALPHA-HSD/CR / HYDROXYSTEROID SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/CARBONYL REDUCTASE


分子量: 26420.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Comamonas testosteroni (バクテリア)
参照: UniProt: Q9ZFY9, UniProt: P80702*PLUS, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (Si-specific)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG4000, ammonium acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7.5 / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125-30 %PEG40001reservoir
20.1 Mcacodylate1reservoir
30.2 Mammonium acetate1reservoir
45 g/lprotein1drop
510 mMTris-HCl1drop
60.1 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30.02 Å / Num. all: 50140 / Num. obs: 50140 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.46 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 69.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.66 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / % possible all: 74
反射
*PLUS
Num. measured all: 374072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.68→30.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 548597.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1882 4 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 46989 91.7 %-
all-0 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.62 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å2-0.77 Å2-1.5 Å2
2--1.59 Å20.4 Å2
3----2.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→30.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3382 0 0 405 3787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 283 3.9 %
Rwork0.256 7011 -
obs--85.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.289 / % reflection Rfree: 3.9 % / Rfactor Rwork: 0.256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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