PDB-1fk8: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINARY COMPLEX WITH NAD OF 3-ALPHA-H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fk8

タイトル

THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINARY COMPLEX WITH NAD OF 3-ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE FROM COMAMONAS TESTOSTERONI, A MEMBER OF THE SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY

要素

3ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE/CARBONYL REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase / SDR / Carbonyl Reductase / Steroid / Hydroxysteroid / Xenobiotic / Metyrapone / Oligomerisation / Comamonas testosteroni / NAD / Nicotinamide Adenine Dinucleotide / substrate binding loop

機能・相同性

機能・相同性情報

3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (Si-specific) / : / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Grimm, C. / Ficner, R. / Maser, E. / Klebe, G. / Reuter, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of 3alpha -hydroxysteroid dehydrogenase/carbonyl reductase from Comamonas testosteroni shows a novel oligomerization pattern within the short chain dehydrogenase/reductase family.
著者: Grimm, C. / Maser, E. / Mobus, E. / Klebe, G. / Reuter, K. / Ficner, R.

履歴

登録	2000年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fk8.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fk8.ent.gz	81.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fjhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mga-1 1fjh-d 6jc5-1 6n4n-1 3g5q-d 3g5r-d 4pwz-2 4iyj-d 3a8s-d 6dej-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE/CARBONYL REDUCTASE

B: 3ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE/CARBONYL REDUCTASE

ヘテロ分子

54.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.785, 46.195, 64.982
Angle α, β, γ (deg.)	107.52, 106.34, 97.63
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The biological assembly is a dimer constructed from chain A by the two-fold NCS axis.

#1: タンパク質	3ALPHA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE/CARBONYL REDUCTASE / HYDROXYSTEROID SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / 3ALPHA-HSD/CR 分子量: 26420.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Comamonas testosteroni (バクテリア) 参照: UniProt: Q9ZFY9, UniProt: P80702*PLUS, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (Si-specific)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.04 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG4000, ammonium acetate, cacodylate , NAD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 詳細: used macroseeding

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	25-30 %	PEG4000	1	reservoir
2	0.1 M	cacodylate	1	reservoir
3	0.2 M	ammonium acetate	1	reservoir
4	5 g/l	protein	1	drop
5	10 mM	Tris-HCl	1	drop
6	0.1 mM	dithiothreitol	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→33.4 Å / Num. all: 30053 / Num. obs: 233945 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 9.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 25.7
反射シェル	解像度: 1.95→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.275 / % possible all: 90.5
反射	PLUS Num. obs: 30053 / Num. measured all*: 233945
反射シェル	PLUS % possible obs*: 90.5 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

解像度: 1.95→33.4 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 260280.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	915	3 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.185	30053	93.2 %	-
all	-	0	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 43.65 Å² / k_sol: 0.356 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.14 Å²	0.38 Å²	0.11 Å²
2-	-	0.75 Å²	0.94 Å²
3-	-	-	-1.89 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.24 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.17 Å	0.16 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3412	0	88	358	3858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.81
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.22	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.96	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.04	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.93	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.07 Å / R_factor R_free error: 0.02 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	150	3.2 %
R_work	0.221	4562	-
obs	-	-	88.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	NAD.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	NAD.PARAM

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 3 % / R_factor R_free: 0.22

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 20.1 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.4
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.81
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.25 / % reflection R_free: 3.2 % / R_factor R_work: 0.221

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)