ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
DENZO | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | CNS | 0.9 | 精密化 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 900663.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.281 | 529 | 10.4 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.265 | - | - | - |
---|
all | - | 5096 | - | - |
---|
obs | - | 5096 | 99.1 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.0129 Å2 / ksol: 0.326811 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.4 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | 1.65 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
---|
2- | - | 1.65 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | -3.3 Å2 |
---|
|
---|
Refine analyze | | Free | Obs |
---|
Luzzati coordinate error | 0.46 Å | 0.38 Å |
---|
Luzzati d res low | - | 5 Å |
---|
Luzzati sigma a | 0.4 Å | 0.41 Å |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.25 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 809 | 0 | 0 | 21 | 830 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d18.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.92 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.28 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.09 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.91 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.94 | 2.5 | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.328 | 84 | 10.1 % |
---|
Rwork | 0.323 | 749 | - |
---|
obs | - | - | 99.9 % |
---|
|
---|
Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
---|
X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAM | | | | |
|
---|
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.28 |
---|
溶媒の処理 | *PLUS |
---|
原子変位パラメータ | *PLUS |
---|
拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg18.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.92 | | | | |
|
---|