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万見
- PDB-1kx2: Minimized average structure of a mono-heme ferrocytochrome c from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kx2
タイトルMinimized average structure of a mono-heme ferrocytochrome c from Shewanella putrefaciens
要素mono-heme c-type cytochrome ScyA
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / haem protein / ferrocytochrome / electron transport / gram negative / bacteria / ScyA Shewanella Putrefaciens / mono haem / all-alpha / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IE / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Mono-heme c-type cytochrome ScyA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella putrefaciens (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing in the dihedral angle space in DYANA in 15000 steps; 30 structures with the lowest target function out of a total number of 250 generated structures constitute the REM family - subject to restrained energy minimization in AMBER; the minimized mean is reported
Model type detailsminimized average
データ登録者Bartalesi, I. / Bertini, I. / Hajieva, P. / Rosato, A. / Vasos, P.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Solution structure of a monoheme ferrocytochrome c from Shewanella putrefaciens and structural analysis of sequence-similar proteins: functional implications.
著者: Bartalesi, I. / Bertini, I. / Hajieva, P. / Rosato, A. / Vasos, P.R.
履歴
登録2002年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Recombinant protein, without the signaling peptide. The first three amino-acids (Ala Asp ...SEQUENCE Recombinant protein, without the signaling peptide. The first three amino-acids (Ala Asp Leu) have been added for protein expression purposes.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mono-heme c-type cytochrome ScyA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2192
ポリマ－8,6011
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 mono-heme c-type cytochrome ScyA / MONO-HEME FERROCYTOCHROME C


分子量: 8600.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens (バクテリア)
遺伝子: ScyA / プラスミド: pPB10ScyA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)C41 / 参照: UniProt: O52685
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 15N-separated TOCSY
1312D NOESY
1412D TOCSY
151HNHA
161HNHB
17115N-HSQC

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試料調製

詳細内容: 1.5 mM Cytochrome c: 100 mM phosphate buffer; reduced with dithyonite
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guntert, P., Mumenthaler, C., Wuthrich, K.構造決定
Amber6Case精密化
精密化手法: simulated annealing in the dihedral angle space in DYANA in 15000 steps; 30 structures with the lowest target function out of a total number of 250 generated structures constitute the REM ...手法: simulated annealing in the dihedral angle space in DYANA in 15000 steps; 30 structures with the lowest target function out of a total number of 250 generated structures constitute the REM family - subject to restrained energy minimization in AMBER; the minimized mean is reported
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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