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万見
- PDB-1kvm: X-ray Crystal Structure of AmpC WT beta-Lactamase in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kvm
タイトルX-ray Crystal Structure of AmpC WT beta-Lactamase in Complex with Covalently Bound Cephalothin
要素beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / amide hydrolase / beta-lactamase / cephalothin / acyl-enzyme complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CEO / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Beadle, B.M. / Trehan, I. / Focia, P.J. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structural milestones in the reaction pathway of an amide hydrolase: substrate, acyl, and product complexes of cephalothin with AmpC beta-lactamase.
著者: Beadle, B.M. / Trehan, I. / Focia, P.J. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2002年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase
B: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6094
ポリマ－79,1762
非ポリマー4332
水6,107339
1
A: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6832
ポリマ－39,5881
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9262
ポリマ－39,5881
非ポリマー3381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.69, 77.20, 97.59
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 116.13, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: K12 / プラスミド: pOGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CEO / 5-METHYLENE-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-5,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID / HYDROLYZED CEPHALOTHIN


分子量: 338.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14N2O4S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 1.7 M potassium phosphate, then crystal soaked with saturated cephalothin solution in crystallizing buffer for 2x 15 minutes, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1.7 M / 一般名: potassium phosphate / 詳細: pH8.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→20 Å / Num. obs: 46729 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.06→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / % possible all: 83.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 168893
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.4 % / Rmerge(I) obs: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FSY

1fsy


解像度: 2.06→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.219 2071 Random
Rwork0.176 --
all-46729 -
obs-41731 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.888 Å20 Å2-6.252 Å2
2--0.242 Å20 Å2
3---1.646 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5541 0 27 339 5907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9362.5
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.13 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.311 138
Rwork0.221 -
obs-2916
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2cephalothin.parcephalothin.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.11 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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