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- PDB-1kvk: The Structure of Binary complex between a Mammalian Mevalonate Ki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kvk
タイトルThe Structure of Binary complex between a Mammalian Mevalonate Kinase and ATP: Insights into the Reaction Mechanism and Human Inherited Disease
要素mevalonate kinase
キーワードTRANSFERASE / RMK / ATP / GHMP
機能・相同性
機能・相同性情報


Cholesterol biosynthesis / isoprenoid metabolic process / mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / regulation of cholesterol biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / sequence-specific mRNA binding / cholesterol biosynthetic process ...Cholesterol biosynthesis / isoprenoid metabolic process / mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / regulation of cholesterol biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / sequence-specific mRNA binding / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / negative regulation of translation / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Mevalonate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fu, Z. / Wang, M. / Potter, D. / Mizioko, H.M. / Kim, J.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The Structure of a Binary complex between a Mammalian Mevalonate Kinase and ATP: Insights into the Reaction Mechanism and Human Inherited Disease
著者: Fu, Z. / Wang, M. / Potter, D. / Mizioko, H.M. / Kim, J.J.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Structure and Mechanism of Homoserine Kinase: Prototype for the GHMP Kinase Superfamily
著者: Zhou, T. / Daugherty, M. / Grishin, N.V. / Osterman, A.L. / Zhang, H.
履歴
登録2002年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mevalonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5643
ポリマ－42,0331
非ポリマー5312
水1,13563
1
A: mevalonate kinase
ヘテロ分子

A: mevalonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1286
ポリマ－84,0652
非ポリマー1,0634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.630, 118.700, 42.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 mevalonate kinase / MK


分子量: 42032.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17256, mevalonate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes, MgCl2, ATP, PEG-5KMME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
113 mg/mlprotein1drop
21 mMATP1drop
32 mM1dropMgCl2
4100 mMHEPES1reservoirpH7.5
517.5 %PEG5000 MME1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→65.55 Å / Num. all: 14200 / Num. obs: 14200 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Limit h max: 32 / Limit h min: 0 / Limit k max: 49 / Limit k min: 0 / Limit l max: 16 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 282198.29 / Observed criterion F min: 0.55
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 76.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 14000 / Num. measured all: 30833 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.8 % / Num. unique obs: 1011 / Num. measured obs: 2653 / Rmerge(I) obs: 0.305

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→65.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1215 8.6 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all-14200 --
obs-14200 86.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 48.1123 Å2 / ksol: 0.301427 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 88.5 Å2 / Biso mean: 43.09 Å2 / Biso min: 9.35 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.42 Å
Luzzati d res high-2.4
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→65.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 32 63 2911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.99
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.722.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.490.3567360.33111430.0421588121676.6
2.49-2.590.3841199.30.30311600.0351601127979.9
2.59-2.70.331037.90.29712090.0331622131280.8
2.7-2.850.29810980.26312550.0291600136485.2
2.85-3.020.27512990.22913090.0241623143888.5
3.02-3.260.2711419.50.20813390.0231623148091.1
3.26-3.580.2631379.10.20613700.0221627150792.6
3.58-4.10.2491298.50.19313970.0221626152693.8
4.1-5.170.2291308.40.16914210.021670155192.9
5.17-65.550.2491459.50.21413820.0211770152786.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4atp.paratp.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 60 Å / Num. reflection obs: 14000 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.47 Å / Rfactor Rfree: 0.34 / Rfactor Rwork: 0.331 / Num. reflection Rwork: 1011 / Rfactor obs: 0.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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