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- PDB-1kv0: Cis/trans Isomerization of Non-prolyl Peptide Bond Observed in Cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kv0
タイトルCis/trans Isomerization of Non-prolyl Peptide Bond Observed in Crystal Structure of an Scorpion Toxin
要素Alpha-like toxin BmK-M7
キーワードTOXIN / Non-prolyl cis peptide bond / Cis/trans isomerization / Dimeric structure / Scorpion toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / : / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-like toxin BmK-M7
類似検索 - 構成要素
生物種Mesobuthus martensii (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Guan, R.J. / He, X.L. / Wang, M. / Xiang, Y. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural mechanism governing cis and trans isomeric states and an intramolecular switch for cis/trans isomerization of a non-proline peptide bond observed in crystal structures of scorpion toxins.
著者: Guan, R.J. / Xiang, Y. / He, X.L. / Wang, C.G. / Wang, M. / Zhang, Y. / Sundberg, E.J. / Wang, D.C.
履歴
登録2002年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-like toxin BmK-M7
B: Alpha-like toxin BmK-M7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5052
ポリマ－14,5052
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.758, 32.758, 176.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-97-

HOH

21A-108-

HOH

31A-115-

HOH

41B-69-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-like toxin BmK-M7 / Bmk M7 / BmKM7


分子量: 7252.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / 組織: tail venom gland / 参照: UniProt: P59854
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulfate, Tris-HCl, Ethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.65 Mammonium sulfate1reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
41 %(v/v)ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→29.3 Å / Num. obs: 19260 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 74.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / Num. measured all: 57131 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.04精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SN1

1sn1


解像度: 1.4→29.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.795 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16448 1898 9.9 %RANDOM
Rwork0.14194 ---
obs0.14416 17355 100 %-
all-19260 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.774 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20.14 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1041 0 0 118 1159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9861.9531476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08632128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6995135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2830.21004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.350.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8731.5678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.06921088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7053400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.594.5388
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.90121078
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.3085118
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.41651041
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 110 10.2 %
Rwork0.153 1074 -
精密化
*PLUS
最低解像度: 29.3 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.164 / Rfactor Rwork: 0.142
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.983
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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