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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kuh | ||||||
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タイトル | ZINC PROTEASE FROM STREPTOMYCES CAESPITOSUS | ||||||
要素 | ZINC PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / METALLOPROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 snapalysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces caespitosus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kurisu, G. / Kinoshita, T. / Sugimoto, A. / Nagara, A. / Kai, Y. / Kasai, N. / Harada, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1997 タイトル: Structure of the zinc endoprotease from Streptomyces caespitosus. 著者: Kurisu, G. / Kinoshita, T. / Sugimoto, A. / Nagara, A. / Kai, Y. / Kasai, N. / Harada, S. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995 タイトル: Complete Amino Acid Sequence of a Zinc Metalloendoprotease from Streptomyces Caespitosus 著者: Harada, S. / Kinoshita, T. / Kasai, N. / Tsunasawa, S. / Sakiyama, F. #2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Main-Chain Structure of Neutral Protease from Streptomyces Caespitosus 著者: Harada, S. / Kitadokoro, K. / Kinoshita, T. / Kai, Y. / Kasai, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kuh.cif.gz | 38.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kuh.ent.gz | 26.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kuh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/1kuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/1kuh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14387.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces caespitosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P56406 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 19872 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 12926 / Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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