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- PDB-1ku1: Crystal Structure of the Sec7 Domain of Yeast GEA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ku1
タイトルCrystal Structure of the Sec7 Domain of Yeast GEA2
要素ARF guanine-nucleotide exchange factor 2
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / Sec7 domain / Guanine Nucleotide Exchange Factor (GEF) / ARF small GTP-binding proteins / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi cis cisterna / secretory granule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / trans-Golgi Network Vesicle Budding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / intra-Golgi vesicle-mediated transport / regulation of ARF protein signal transduction / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...Golgi cis cisterna / secretory granule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / trans-Golgi Network Vesicle Budding / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / intra-Golgi vesicle-mediated transport / regulation of ARF protein signal transduction / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / macroautophagy / actin cytoskeleton organization / Golgi membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. ...Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Mon2/Sec7/BIG1-like, HUS domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ARF guanine-nucleotide exchange factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Renault, L. / Christova, P. / Guibert, B. / Pasqualato, S. / Cherfils, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Mechanism of domain closure of Sec7 domains and role in BFA sensitivity.
著者: Renault, L. / Christova, P. / Guibert, B. / Pasqualato, S. / Cherfils, J.
履歴
登録2002年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999sequence the coordinate numbering is not sequential. The cloning artifacts are numbered -9 to -1 ...sequence the coordinate numbering is not sequential. The cloning artifacts are numbered -9 to -1 and the Sec7 domain is numbered 558-759.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARF guanine-nucleotide exchange factor 2
B: ARF guanine-nucleotide exchange factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0962
ポリマ－53,0962
非ポリマー00
水3,909217
1
A: ARF guanine-nucleotide exchange factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5481
ポリマ－26,5481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ARF guanine-nucleotide exchange factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5481
ポリマ－26,5481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.052, 75.881, 76.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Sec7 domains are known to be active as monomer. The crystal asymetric unit is composed of two copies of the protein.

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要素

#1: タンパク質 ARF guanine-nucleotide exchange factor 2


分子量: 26547.891 Da / 分子数: 2 / 断片: Sec7 domain (residues 570-714) / 変異: I747V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold / 参照: UniProt: P39993
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.4M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate or Sodium Citrate at pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130-40 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.5
3150 mM1dropKCl
41-4 mMdithiothreitol1drop
51.4 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoiror sodium citrate, pH5.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンLURE DW3210.948
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW621.05
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2001年3月1日
MARRESEARCH2CCD2001年3月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1monocrystal Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9481
21.051
反射解像度: 1.93→24.04 Å / Num. obs: 52653 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.93→1.97 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2543 / % possible all: 94.4
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→24.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 156814001.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 3709 7.4 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.22 50288 97.2 %-
all-52656 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.7862 Å2 / ksol: 0.375713 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å22.42 Å2
2--3.68 Å20 Å2
3----4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→24.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3412 0 0 217 3629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.912.5
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 189 7.4 %
Rwork0.276 2352 -
obs-2900 94.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor all: 0.22 / Rfactor obs: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.01
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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