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- PDB-1ks2: Crystal Structure Analysis of the rpiA, Structural Genomics, prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ks2
タイトルCrystal Structure Analysis of the rpiA, Structural Genomics, protein EC1268.
要素protein EC1268, RPIA
キーワードStructural Genomics / ISOMERASE / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ribose metabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribose-5-phosphate isomerase, type A, subgroup / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribose-5-phosphate isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zhang, R. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2003
タイトル: Structure of Escherichia coli ribose-5-phosphate isomerase: a ubiquitous enzyme of the pentose phosphate pathway and the Calvin cycle.
著者: Zhang, R. / Andersson, C.E. / Savchenko, A. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Beasley, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Mowbray, S.L.
履歴
登録2002年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein EC1268, RPIA
B: protein EC1268, RPIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3292
ポリマ－46,3292
非ポリマー00
水11,890660
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.119, 42.120, 59.429
Angle α, β, γ (deg.)89.94, 100.95, 98.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 protein EC1268, RPIA / RPIA


分子量: 23164.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 mg/mlprotein1drop
20.2 M1reservoirMgCl2
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
430 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795, 0.9798,0.94656
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97981
30.946561
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 64657 / Num. obs: 62538 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 40.5
反射 シェル解像度: 1.49→1.64 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 11.95 / Num. unique all: 15357 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 97.1 % / Num. measured all: 323503

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
CNS精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→34.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1047468.64 / Data cutoff high rms absF: 1047468.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 5874 4.9 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 62538 93.8 %-
all-64657 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.7062 Å2 / ksol: 0.413935 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å2-0.56 Å2-0.67 Å2
2---1.97 Å2-0.78 Å2
3---1.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3190 0 0 660 3850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 901 4.8 %
Rwork0.248 18013 -
obs--89.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. reflection obs: 119003
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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