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万見
- PDB-1krx: SOLUTION STRUCTURE OF BERYLLOFLUORIDE-ACTIVATED NTRC RECEIVER DOM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1krx
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF BERYLLOFLUORIDE-ACTIVATED NTRC RECEIVER DOMAIN: MODEL STRUCTURES INCORPORATING ACTIVE SITE CONTACTS
要素NITROGEN REGULATION PROTEIN NR(I)
キーワードSIGNALING PROTEIN / two component signal transduction / receiver domain / BeF3 / phosphorylation / Bacterial nitrogen regulatory protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / nitrogen fixation / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding transcriptional regulator NtrC / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain ...DNA-binding transcriptional regulator NtrC / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA-binding transcriptional regulator NtrC
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Hastings, C.A. / Lee, S.-Y. / Cho, H.S. / Yan, D. / Kustu, S. / Wemmer, D.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: High-Resolution Solution Structure of the Beryllofluoride-Activated NtrC Receiver Domain
著者: Hastings, C.A. / Lee, S.-Y. / Cho, H.S. / Yan, D. / Kustu, S. / Wemmer, D.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: NMR STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY
著者: Cho, H.S. / Lee, S.-Y. / Yan, D. / Pan, X. / Parkinson, J.S. / Kustu, S. / Wemmer, D.E. / Pelton, J.G.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ACTIVATED RESPONSE REGULATOR BOUND TO ITS TARGET
著者: Lee, S.-Y. / Cho, H.S. / Pelton, J.G. / Yan, D. / Henderson, R.K. / King, D.S. / Huang, L. / Kustu, S. / Berry, E.A. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2002年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROGEN REGULATION PROTEIN NR(I)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7032
ポリマ－13,6371
非ポリマー661
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #19

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要素

#1: タンパク質 NITROGEN REGULATION PROTEIN NR(I)


分子量: 13636.604 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain: Receiver domain, Residues 1-124 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P41789
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2224D 13C/15N-separated NOESY
2324D 13C-separated NOESY
2423D 13C-separated NOESY
252HNCA-J
262CBCA(CO)NH
37313C,1H-HSQC
484IPAP-HSQC
292HNHA
NMR実験の詳細Text: Coordinates for the 26 structures of the model derived from NMR constraints and 3 active site arrangement constraints inferred from similarity to CheY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-15N, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
2U-15N, 13C, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
310% 13C, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
4U-15N, 1.1-1.5mM NtrC receiver domain(1-124), 50mM sodium phosphate buffer(pH6.75), 50mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF, 95% H2O, 5% D2O, 30mg/ml phage pf195% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF 6.75ambient 303 K
250mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF 6.75ambient 303 K
350mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF 6.75ambient 303 K
450mM NaCl, 4.4mM BeCl2, 7.2mM MgCl2, 29mM NaF 6.75ambient 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guntert構造決定
CNS 1.0Brunger構造決定
Felix解析
NMRViewJohnsonデータ解析
CNS 1.0Brunger et. al.精密化
MOLMOL精密化
精密化手法: distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: 3 additional constraints from crystal structure of BeF3-activated CheY were used for structure calculation.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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