+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kr2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NMN/NAMN ADENYLYL TRANSFERASE COMPLEXED WITH TIAZOFURIN ADENINE DINUCLEOTIDE (TAD) | ||||||
![]() | NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / nucleotidyltransferase superfamily | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of apoptotic DNA fragmentation / protein ADP-ribosyltransferase-substrate adaptor activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nucleotide biosynthetic process / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / Nicotinate metabolism / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / NAD biosynthetic process ...negative regulation of apoptotic DNA fragmentation / protein ADP-ribosyltransferase-substrate adaptor activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nucleotide biosynthetic process / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / Nicotinate metabolism / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / NAD biosynthetic process / response to wounding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, T. / Kurnasov, O. / Tomchick, D.R. / Binns, D.D. / Grishin, N.V. / Marquez, V.E. / Osterman, A.L. / Zhang, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Hhuman of Nicotinamide/Nicotinic Acid Mononucleotide Adenylyltransferase. Basis for the dual substrate specificity and activation of the oncolytic agent tiazofurin. 著者: Zhou, T. / Kurnasov, O. / Tomchick, D.R. / Binns, D.D. / Grishin, N.V. / Marquez, V.E. / Osterman, A.L. / Zhang, H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 303.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 247.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 819.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 856.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31982.502 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HAN9, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-TAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月2日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 132752 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 30.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / Num. measured all: 453541 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.5 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KR2 解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.204 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.014 |