PDB-1gzu: Crystal Structure of Human Nicotinamide Mononucleotide Adenylyltr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gzu

タイトル

Crystal Structure of Human Nicotinamide Mononucleotide Adenylyltransferase in Complex with NMN

要素

NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / NAD BIOSYNTHESIS / ADENYLYLTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of apoptotic DNA fragmentation / protein ADP-ribosyltransferase-substrate adaptor activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nucleotide biosynthetic process / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / Nicotinate metabolism / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / NAD+ biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Werner, E. / Ziegler, M. / Lerner, F. / Schweiger, M. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of human nicotinamide mononucleotide adenylyltransferase in complex with NMN.
著者: Werner, E. / Ziegler, M. / Lerner, F. / Schweiger, M. / Heinemann, U.

履歴

置き換え	2002年6月6日	ID: 1GRY
登録	2002年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年6月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: citation / diffrn_radiation ...citation / diffrn_radiation / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / struct Item: _citation.page_last / _citation.title ..._citation.page_last / _citation.title / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _struct.title
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gzu.cif.gz	151.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gzu.ent.gz	120 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gzu_validation.pdf.gz	578.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gzu_full_validation.pdf.gz	634.2 KB	表示
XML形式データ	1gzu_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	1gzu_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/1gzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/1gzu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1kqo-d 1kqn-d 1kr2-d 6nih-d 3q33-1 2y7j-d 2ofj-d 3q35-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

B: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

C: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

B: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

C: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

ヘテロ分子

A: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

B: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

C: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
203 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.800, 235.700, 89.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 6 - 270 / Label seq-ID: 17 - 281

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.4551, 0.8629, -0.2197), (-0.8654, -0.4867, -0.119), (-0.2096, 0.136, 0.9683)	-62.16, 118.3, -9.598
2	given	(-0.493, -0.8439, -0.2118), (0.8501, -0.519, 0.0895), (-0.1855, -0.1359, 0.9732)	69.53, 116.2, 11.45

#1: タンパク質	NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYL TRANSFERASE / NMN ADENYLYLTRANSFERASE 分子量: 33444.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM522 参照: UniProt: Q9HAN9, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE 分子量: 335.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₂O₈P
Has protein modification	Y
配列の詳細	N-TERMINUS INCLUDES A HIS-TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.56 %

結晶化

pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M NA/KH2PO4, 100 M M TRIS PH 7.5, 5% 2-PROPANOL

結晶化

*PLUS

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Werner, E., (2002) Acta Crystallogr., D58, 140.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	70 mM	ammonium sulfate	1	drop
3	100 mM	imidazole	1	drop
4	300 mM		1	drop	NaCl
5	1 mM		1	drop	MgCl2
6	2.5 mM	dithiothreitol	1	drop
7	1 mM	NAD+	1	drop
8	1.9 M	sodium potassium phosphate	1	reservoir
9	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir		pH7.5
10	5 %	2-propanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 / 波長: 0.9795 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2001年6月17日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 62691 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 92.5
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 632186 / R_merge(I) obs*: 0.07
反射シェル	PLUS % possible obs: 92.5 % / Num. unique obs*: 5937

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.888 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.85 / SU B: 8.754 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.801 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.286	1438	5 %	RANDOM
R_work	0.246	-	-	-
obs	0.248	27097	86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5478	0	66	0	5544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	5632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.959	7636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.305	3	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.177	15	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.335	0.3	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.5	409
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.265	0.3	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.381	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.798	2	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.968	8	5473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.718	4	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.757	12	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	907	tight positional	0.06	0.05
2	B	907	tight positional	0.06	0.05
3	C	907	tight positional	0.06	0.05
1	A	896	loose positional	0.68	5
2	B	896	loose positional	0.54	5
3	C	896	loose positional	0.59	5
1	A	907	tight thermal	0.16	0.5
2	B	907	tight thermal	0.13	0.5
3	C	907	tight thermal	0.2	0.5
1	A	896	loose thermal	5.59	10
2	B	896	loose thermal	4.33	10
3	C	896	loose thermal	6.97	10

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.342	71
R_work	0.266	1308

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 7 % / R_factor R_free: 0.291 / R_factor R_work: 0.253

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.719

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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