[日本語] English
万見
- PDB-1kq2: Crystal Structure of an Hfq-RNA Complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kq2
タイトルCrystal Structure of an Hfq-RNA Complex
要素
  • 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*G)-3'
  • Host factor for Q beta
キーワードTRANSLATION/RNA / Hfq-RNA complex / single-stranded RNA / translational regulator / TRANSLATION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA-binding protein Hfq / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Pearson, R.F. / Moller, T. / Valentin-Hansen, P. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Structures of the pleiotropic translational regulator Hfq and an Hfq-RNA complex: a bacterial Sm-like protein.
著者: Schumacher, M.A. / Pearson, R.F. / Moller, T. / Valentin-Hansen, P. / Brennan, R.G.
履歴
登録2002年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
R: 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*G)-3'
A: Host factor for Q beta
B: Host factor for Q beta
H: Host factor for Q beta
I: Host factor for Q beta
K: Host factor for Q beta
M: Host factor for Q beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8807
ポリマ－54,8807
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.870, 115.600, 101.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Hfq is a functional hexamer and there is one hexamer bound to the 7-mer RNA site in the ASU

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(*AP*UP*UP*UP*UP*UP*G)-3'


分子量: 2160.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Host factor for Q beta / HFQ


分子量: 8786.683 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pTyb11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99UG9, UniProt: A0A0H3JV59*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 550, MgCl2, Hepes, KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 55011
2MgCl211
3Hepes11
4KCl11
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.5-1 mMHfq1
21 mMRNA1
310 %PEG550 MME12
4100 mM12KCl
515 mM12MgCl2
650 mMTris12pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月11日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→40.38 Å / Num. all: 11950 / Num. obs: 11950 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 83.4 Å2 / Rsym value: 0.064
反射 シェル解像度: 2.71→2.89 Å / % possible all: 92.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 40717 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: one hexamer of 1KQ1

1kq1


解像度: 2.71→40.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 2081750.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: engh and huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 600 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.204 12030 --
obs0.204 12030 90.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.977 Å2 / ksol: 0.323089 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2---12.8 Å20 Å2
3---13.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→40.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2985 142 0 29 3156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.482.5
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 105 5.2 %
Rwork0.315 1901 -
obs--92.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 40.4 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.377 / Rfactor Rwork: 0.315

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る