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- PDB-1kq1: 1.55 A Crystal structure of the pleiotropic translational regulat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kq1
タイトル1.55 A Crystal structure of the pleiotropic translational regulator, Hfq
要素Host Factor for Q beta
キーワードTRANSLATION / Hfq / hexamer / RNA binding protein / translational regulator / Sm motif
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / RNA-binding protein Hfq / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Pearson, R.F. / Moller, T. / Valentin-Hansen, P. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: Structures of the pleiotropic translational regulator Hfq and an Hfq-RNA complex: a bacterial Sm-like protein.
著者: Schumacher, M.A. / Pearson, R.F. / Moller, T. / Valentin-Hansen, P. / Brennan, R.G.
履歴
登録2002年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Host Factor for Q beta
B: Host Factor for Q beta
H: Host Factor for Q beta
I: Host Factor for Q beta
K: Host Factor for Q beta
M: Host Factor for Q beta
S: Host Factor for Q beta
T: Host Factor for Q beta
Y: Host Factor for Q beta
N: Host Factor for Q beta
R: Host Factor for Q beta
W: Host Factor for Q beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,74017
ポリマ－105,44012
非ポリマー3005
水10,665592
1
A: Host Factor for Q beta
B: Host Factor for Q beta
H: Host Factor for Q beta
I: Host Factor for Q beta
K: Host Factor for Q beta
M: Host Factor for Q beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9009
ポリマ－52,7206
非ポリマー1803
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
2
S: Host Factor for Q beta
T: Host Factor for Q beta
Y: Host Factor for Q beta
N: Host Factor for Q beta
R: Host Factor for Q beta
W: Host Factor for Q beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8408
ポリマ－52,7206
非ポリマー1202
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.030, 89.950, 67.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Hfq forms a hexamer (resistant to denaturants) and there are two hexamers in the crystallographic asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
Host Factor for Q beta / Hfq


分子量: 8786.683 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99UG9, UniProt: A0A0H3JV59*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium sulphate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1150 mM11NaCl
225 mMTris11pH7.5
30.5 mMEDTA11
420 mg/mlHfq11
52.5 Mammonium sulfate12
60.4 Macetic acid12pH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月11日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→22.37 Å / Num. obs: 115018 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rsym value: 0.158 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 22.4 Å / Num. obs: 111857 / Num. measured all: 460147 / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 4.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.55→22.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1029855.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
詳細: residues 67 to 77 are disordered in all subunits as are residues 1-5 in 11 subunits.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 5801 5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs-115018 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.3442 Å2 / ksol: 0.46278 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å23.42 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→22.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5999 0 0 612 6611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 1029 5.4 %
Rwork0.34 18109 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ACY_PAR.TXTACY_TOP.TXT
精密化
*PLUS
最低解像度: 22.4 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.374 / Rfactor Rwork: 0.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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