[日本語] English
万見
- PDB-1kpm: First Structural Evidence of a Specific Inhibition of Phospholipa... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kpm
タイトルFirst Structural Evidence of a Specific Inhibition of Phospholipase A2 by Vitamin E and its Implications in Inflammation: Crystal Structure of the Complex Formed between Phospholipase A2 and Vitamin E at 1.8 A Resolution.
要素Phospholipase A2
キーワードHYDROLASE / phospholipase A2 / Daboia russelli pulchella / neurotoxic / inflammation
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / VITAMIN E / Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii pulchella (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Betzel, C. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: First Structural Evidence of a Specific Inhibition of Phospholipase A2 by alpha-Tocopherol (Vitamin E) and its Implications in Inflammation: Crystal Structure of the Complex Formed ...タイトル: First Structural Evidence of a Specific Inhibition of Phospholipase A2 by alpha-Tocopherol (Vitamin E) and its Implications in Inflammation: Crystal Structure of the Complex Formed Between Phospholipase A2 and alpha-Tocopherol at 1.8 A Resolution
著者: Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Betzel, C. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: First Structural Evidence of Antiinflammatory Action of Vitamin E (2,5,7,8-tetramethyl-2-(4',8',12'-trimethyltridecyl)-6-chromanol) Through its Binding to Phospholipase A2 Specifically: ...タイトル: First Structural Evidence of Antiinflammatory Action of Vitamin E (2,5,7,8-tetramethyl-2-(4',8',12'-trimethyltridecyl)-6-chromanol) Through its Binding to Phospholipase A2 Specifically: Crystal Structure of a Complex Formed between Phospholipase A2 and Vitamin E at 1.80 Resolution
著者: Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Betzel, C. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Complex Formed between Phospholipase A2 from Daboia russelli pulchella and a Designed Pentapeptide Phe-Leu-Ser-Tyr-Lys at 1.8 Resolution
著者: Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Betzel, C. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
#3: ジャーナル: To be Published
タイトル: First Structural Evidence of the Inhibition of Phospholipase A2 by Aristolochic Acid: Crystal Structure of a Complex Formed between Phospholipase A2 and Aristolochic Acid
著者: Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Betzel, C. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
#4: ジャーナル: To be Published
タイトル: Design of Specific Inhibitors of Phospholipase A2: Crystal Structure of a Complex Formed between Phospholipase A2 from Daboia russelli pulchella and a Designed Pentapeptide Leu-Ala-Ile- ...タイトル: Design of Specific Inhibitors of Phospholipase A2: Crystal Structure of a Complex Formed between Phospholipase A2 from Daboia russelli pulchella and a Designed Pentapeptide Leu-Ala-Ile-Tyr-Ser at 2.0 Resolution
著者: Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Betzel, C. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
#5: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2001
タイトル: Regulation of catalytic function by molecular association: structure of phospholipase A2 from Daboia russelli pulchella (DPLA2) at 1.9 A resolution.
著者: Chandra, V. / Kaur, P. / Jasti, J. / Betzel, C. / Singh, T.P.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Three-dimensional structure of a presynaptic neurotoxic phospholipase A2 from Daboia russelli pulchella at 2.4 A resolution.
著者: Chandra, V. / Kaur, P. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
履歴
登録2002年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年7月10日ID: 1FE7
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2
B: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9307
ポリマ－27,2602
非ポリマー6715
水5,513306
1
A: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1213
ポリマ－13,6301
非ポリマー4912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8104
ポリマ－13,6301
非ポリマー1803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.790, 88.510, 78.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-596-

HOH

21B-577-

HOH

31B-589-

HOH

41B-598-

HOH

51B-658-

HOH

詳細The two protein chains (A and B) represent the two molecules in the asymmetric unit, with the A molecule containing the inhibitor vitamin E

-
要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ヘビ) / Secretion: venom / 生物種: Daboia russellii / 株: pulchella / 参照: UniProt: P59071, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-VIT / VITAMIN E / 2,5,7,8-TETRAMETHYL-2-(4,8,12-TRIMETHYLTRIDECYL)-6-CHROMANOL / (S,S,S)-α-トコフェロ-ル


分子量: 430.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50O2
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20mM Sodium cacodylate, 1.4M Ammonium sulfate, 4mM Calcium chloride, 3% dioxane, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
220 mMsodium cacodylate1droppH6.5
31.4 Mammonium sulfate1reservoir
43 %(v/v)dioxane1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.98 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月20日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 23652 / Num. obs: 23652 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 9.93
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1609 / Rsym value: 0.084 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Mean I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CL5

1cl5


解像度: 1.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1139 4.8 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.197 23652 --
obs0.197 23652 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.6763 Å2 / ksol: 0.422816 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 31 322 2241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.91.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.12.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 189 4.7 %
Rwork0.226 3803 -
obs-1609 98.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4VIT.PARAMVIT.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PAR.PARAMTOP.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg4.01

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る