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- PDB-1kpl: Crystal Structure of the ClC Chloride Channel from S. typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kpl
タイトルCrystal Structure of the ClC Chloride Channel from S. typhimurium
要素putative ClC family, chlorine transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / helical membrane protein / homodimer / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTADECANE / N-OCTANE / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dutzler, R. / Campbell, E.B. / Cadene, M. / Chait, B.T. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: X-ray structure of a ClC chloride channel at 3.0 A reveals the molecular basis of anion selectivity.
著者: Dutzler, R. / Campbell, E.B. / Cadene, M. / Chait, B.T. / MacKinnon, R.
履歴
登録2001年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative ClC family, chlorine transport protein
B: putative ClC family, chlorine transport protein
C: putative ClC family, chlorine transport protein
D: putative ClC family, chlorine transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,17816
ポリマ－201,9984
非ポリマー1,17912
水362
1
A: putative ClC family, chlorine transport protein
B: putative ClC family, chlorine transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6859
ポリマ－100,9992
非ポリマー6867
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: putative ClC family, chlorine transport protein
D: putative ClC family, chlorine transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4937
ポリマ－100,9992
非ポリマー4945
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.719, 90.159, 80.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.87657, 0.48126, 0.0038), (0.48002, 0.87481, -0.06545), (-0.03483, -0.05555, -0.99785)62.70105, -15.74265, 5.73088
詳細The biologically active assembly is a homodimer. The two biological dimers in the asymmetric unit are composed of protein chains A and B, C and D. Strict crystallograhic NCS constraints have been maintained between the two dimers in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
putative ClC family, chlorine transport protein / ClC chloride channel


分子量: 50499.586 Da / 分子数: 4 / 変異: M26L/C264V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
プラスミド: pET28b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8ZRP8

-
非ポリマー , 5種, 14分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 化合物 ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 400, acetate, sodium sulfate, lithium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110-15 mg/mlprotein1drop
245 mMn-octyl-beta-maltoside1drop
375 mM1dropNaCl
410 mMTris-HCl1droppH7.5
526-31 %PEG4001reservoir
650 mMsodium acetate1reservoirpH4.6
775-100 mM1reservoirNa2SO4
875-100 mM1reservoirLi2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. all: 53397 / Num. obs: 50567 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 85.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 96.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1592586.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Strict 2-fold NCS constraints between the two dimers in the asymmetric unit were maintained. BULK SOLVENT MODEL USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 4981 10 %RANDOM
Rwork0.254 ---
all0.2583 52912 --
obs0.255 49949 94.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 79.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.57 Å20 Å2-11.87 Å2
2--5.33 Å20 Å2
3----31.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13144 0 70 2 13216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.754
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.056
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 808 9.7 %
Rwork0.361 7552 -
obs--95.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ALKANE.PARALKANE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.288
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 79.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.754
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.056
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.386 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor Rwork: 0.361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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