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万見
- PDB-1kpi: Crystal Structure of mycolic acid cyclopropane synthase CmaA2 com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kpi
タイトルCrystal Structure of mycolic acid cyclopropane synthase CmaA2 complexed with SAH and DDDMAB
要素CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 2
キーワードTRANSFERASE / mixed alpha beta fold / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase / cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / mycolate cell wall layer assembly / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / S-adenosylmethionine metabolic process / mycolic acid biosynthetic process / lipid biosynthetic process / methylation / response to hypoxia ...cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase / cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / mycolate cell wall layer assembly / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / S-adenosylmethionine metabolic process / mycolic acid biosynthetic process / lipid biosynthetic process / methylation / response to hypoxia / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mycolic acid cyclopropane synthase / : / Mycolic acid cyclopropane synthetase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIDECYL-DIMETHYL-AMMONIUM / CARBONATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Cyclopropane mycolic acid synthase 2 / Cyclopropane mycolic acid synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Huang, C.-C. / Smith, C.V. / Jacobs Jr., W.R. / Glickman, M.S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of mycolic acid cyclopropane synthases from Mycobacterium tuberculosis
著者: Huang, C.-C. / Smith, C.V. / Glickman, M.S. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2001年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7978
ポリマ－34,6421
非ポリマー1,1557
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 2
ヘテロ分子

A: CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,59516
ポリマ－69,2842
非ポリマー2,31114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area5550 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.710, 106.710, 227.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Cell settingtetragonal
Space group name H-MI4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 2 / E.C.2.1.1.79 / CYCLOPROPANE FATTY ACID SYNTHASE / CFA SYNTHASE / CYCLOPROPANE MYCOLIC ACID SYNTHASE / cmaA2


分子量: 34642.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cmaA2 / プラスミド: pET30b(cmaA1) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A5P0, UniProt: P9WPB5*PLUS, cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase

-
非ポリマー , 5種, 69分子

#2: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-10A / DIDECYL-DIMETHYL-AMMONIUM / ジデシルジメチルアミニウム


分子量: 326.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H48N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.68 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulfate, TRIS, SAH, DDDMAB, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 292K
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.5-2 mMSAH1drop
20.100-0.200 mMDDDMAB1drop
37-10 mg/mlprotein1drop
41.8 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月10日 / 詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: bend cylindrical Ge(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. all: 21781 / Num. obs: 21781 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 78.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 94665 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.3 % / Rmerge(I) obs: 0.24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→29.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 224483.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1851 9.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.208 18755 --
obs0.208 18755 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.1473 Å2 / ksol: 0.362734 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---2.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2363 0 73 62 2498
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 295 10.2 %
Rwork0.287 2584 -
obs--90.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SAH.PARSAH.TOP
X-RAY DIFFRACTION5LIP.PARLIP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 43.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.317 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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