+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kos | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SOLUTION NMR STRUCTURE OF AN ANALOG OF THE YEAST TRNA PHE T STEM LOOP CONTAINING RIBOTHYMIDINE AT ITS NATURALLY OCCURRING POSITION | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA / TRNA / T STEM LOOP / TRNA DOMAIN / RNA HAIRPIN / RNA FOLDING | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING | データ登録者 | Koshlap, K.M. / Guenther, R. / Sochacka, E. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: A distinctive RNA fold: the solution structure of an analogue of the yeast tRNAPhe T Psi C domain. 著者: Koshlap, K.M. / Guenther, R. / Sochacka, E. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. #1: ジャーナル: Biopolymers / 年: 1998 タイトル: Small Structural Ensembles for a 17-Nucleotide Mimic of the tRNA Tpsic-Loop Via Fitting Dipolar Relaxation Rates with the Quadratic Programming Algorithm 著者: Schmitz, U. / Donati, A. / James, T.L. / Ulyanov, N.B. / Yao, L. #2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997 タイトル: The Dynamic NMR Structure of the T Psi C-Loop: Implications for the Specificity of tRNA Methylation 著者: Yao, L.J. / James, T.L. / Kealey, J.T. / Santi, D.V. / Schmitz, U. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986 タイトル: Restrained Refinement of the Monoclinic Form of Yeast Phenylalanine Transfer RNA. Temperature Factors and Dynamics, Coordinated Waters, and Base-Pair Propeller Twist Angles 著者: Westhof, E. / Sundaralingam, M. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kos.cif.gz | 98.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1kos.ent.gz | 74.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kos.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/1kos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/1kos | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5395.255 Da / 分子数: 1 / 断片: TPSIC DOMAIN OF TRNA / 変異: +C49C / 由来タイプ: 合成 詳細: SEQUENCE FROM YEAST (SACCHAROMYCES CEREVISIAE) TRNA PHE |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: EXPERIMENTS IN 100% D2O CONDUCTED AT 283, 288,293, AND 298 KELVIN; EXPERIMENTS IN 6% D2O/ 94% H2O CONDUCTED AT 274 AND 283 KELVIN. |
-試料調製
詳細 | 内容: 100% D2O, 94% WATER/6% D2O |
---|---|
試料状態 | pH: 6 / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX500 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX500 / 磁場強度: 500 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY STRUCTURES 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 8 |