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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2gkr | ||||||
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Title | Crystal structure of the N-terminally truncated OMTKY3-del(1-5) | ||||||
![]() | Ovomucoid | ||||||
![]() | HYDROLASE INHIBITOR / reactive-site loop / alpha-helix / antiparallel beta-sheet | ||||||
Function / homology | ![]() molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, T.W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Insights into the Non-additivity Effects in the Sequence-to-Reactivity Algorithm for Serine Peptidases and their Inhibitors. Authors: Lee, T.W. / Qasim, M.A. / Laskowski, M. / James, M.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 30.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 23.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 406.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 406.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 4.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 6.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit of this protein is a monomer which is completely included in each asymmetric unit. |
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Components
#1: Protein | Mass: 5585.289 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: turkey ovomucoid third domain, del (1-5) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-CL / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 31.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES-Na pH 7.5, 10% v/v isopropanol, 20% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 23, 2003 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.16→40 Å / Num. obs: 13772 / % possible obs: 97.7 % |
Reflection shell | Resolution: 1.16→1.2 Å / % possible all: 91.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.037 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.16→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 8.988 Å / Origin y: -0.059 Å / Origin z: 3.296 Å
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