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万見
- PDB-1kn7: Solution structure of the tandem inactivation domain (residues 1-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kn7
タイトルSolution structure of the tandem inactivation domain (residues 1-75) of potassium channel RCK4 (Kv1.4)
要素VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL PROTEIN KV1.4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / voltage-gated potassium channel / inactivation domain / Kv1.4 / RCK4
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of presynaptic membrane potential / Voltage gated Potassium channels / axon initial segment / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / action potential / potassium ion binding / potassium channel activity / asymmetric synapse ...regulation of presynaptic membrane potential / Voltage gated Potassium channels / axon initial segment / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / action potential / potassium ion binding / potassium channel activity / asymmetric synapse / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / monoatomic ion transmembrane transport / potassium ion transport / dendritic shaft / protein homooligomerization / monoatomic ion channel activity / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / dendritic spine / axon / glutamatergic synapse / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain superfamily / Potassium channel Kv1.4 tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1.4, tandem inactivation domain superfamily / Potassium channel Kv1.4 tandem inactivation domain / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ion transport domain / Ion transport protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily A member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Wissmann, R. / Bildl, W. / Oliver, D. / Beyermann, M. / Kalbitzer, H.R. / Bentrop, D. / Fakler, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure and Function of the "Tandem Inactivation Domain" of the Neuronal A-type Potassium Channel Kv1.4
著者: Wissmann, R. / Bildl, W. / Oliver, D. / Beyermann, M. / Kalbitzer, H.R. / Bentrop, D. / Fakler, B.
履歴
登録2001年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE The protein construct used in this study contains three additional residues at the N- ...SEQUENCE The protein construct used in this study contains three additional residues at the N-terminus from a thrombin cleavage site (Gly-Ser-Thr).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL PROTEIN KV1.4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8581
ポリマ－7,8581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 300structures with the least restraint violations,target function
代表モデルモデル #10closest to the average

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要素

#1: タンパク質 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL PROTEIN KV1.4 / RCK4


分子量: 7858.493 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal tandem inactivation domain (residues 1-75)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: KCNA4 / プラスミド: pET41a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15385

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
121HNHA
1322D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM RCK4(1-75) U-15N; 50 mM sodium phosphate, 10 mM DTT90% H2O/10% D2O
21mM RCK4(1-75); 50 mM sodium phosphate, 10 mM DTT90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 4.4 / 圧: ambient / 温度: 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
AURELIA2.7.5Brukerデータ解析
XEASY1.3.13Bartels, Xiaデータ解析
DYANA1.5MUMENTHALER, GUENTERT構造決定
DYANA1.5MUMENTHALER, GUENTERT精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SEE THE PRIMARY CITATION FOR STRUCTURAL STATISTICS
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,target function
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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