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- PDB-1kn5: SOLUTION STRUCTURE OF ARID DOMAIN OF ADR6 FROM SACCHAROMYCES CERE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kn5
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF ARID DOMAIN OF ADR6 FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
要素Transcription regulatory protein ADR6
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ADR6 / ARID domain / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mating type switching / HDACs deacetylate histones / SWI/SNF complex / cellular response to amino acid starvation / DNA-templated DNA replication / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...positive regulation of mating type switching / HDACs deacetylate histones / SWI/SNF complex / cellular response to amino acid starvation / DNA-templated DNA replication / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ARID DNA-binding domain / : / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SWI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Tu, X. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2001
タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments and secondary structure of ADR6 DNA-binding domain.
著者: Tu, X. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2001
タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments and secondary structure of ADR6 DNA-binding domain
著者: Tu, X. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y.
#2: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2000
タイトル: Expression and purification of a recombinant DNA-binding domain of ADR6 protein from Escherichia coli and its secondary structure characterization
著者: Tu, X. / Xiao, Y. / Zeng, W. / Shi, Y.
履歴
登録2001年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulatory protein ADR6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5671
ポリマ－14,5671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Transcription regulatory protein ADR6 / Transcription regulatory protein SWI1


分子量: 14566.800 Da / 分子数: 1 / 断片: ARID domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: adr6 / プラスミド: pREP-4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P09547

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
2223D 15N-separated NOESY
3332D NOESY

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試料調製

詳細内容: 1MM ADR6 ARID DOMAIN U-15N, U-13C, 50MM PHOSPHATE BUFFER PH4.9, 90% H2O, 10%D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM PHOSPHATE BUFFER / pH: 4.9 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / バージョン: v 1.0 / 開発者: A.T. BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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