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- PDB-1kn4: CATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kn4
タイトルCATALYTIC ANTIBODY D2.3 COMPLEX
要素
  • IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN)
  • IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / ABZYME / TRANSITION STATE ANALOG
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin receptor binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL D-ALANINE / Ig gamma-2A chain C region, A allele / Igk protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gigant, B. / Knossow, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: Remarkable remote chiral recognition in a reaction mediated by a catalytic antibody.
著者: D'Souza, L.J. / Gigant, B. / Knossow, M. / Green, B.S.
履歴
登録2001年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN PDE IS PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL D-ALANINE (NO2-C6H5-O-PO2-CH2-CH2-CH2-CO-NH-CH(CH3)-COOH)
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS. (RESIDUES H106 - H223) AND OF ...SEQUENCE THE SEQUENCES OF THE CONSTANT DOMAINS OF THE HEAVY CHAINS. (RESIDUES H106 - H223) AND OF THE LIGHT CHAINS (RESIDUES L107 - L214) HAVE NOT BEEN DETERMINED FOR THIS IMMUNOGLOBULIN. THEY HAVE BEEN ASSIGNED THE CONSENSUS SEQUENCE FOR THE CONSTANT DOMAIN OF MOUSE KAPPA LIGHT CHAIN AND FOR THE FIRST CONSTANT DOMAIN OF MOUSE GROUP 2A HEAVY CHAINS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN)
H: IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,02710
ポリマ－48,2092
非ポリマー8188
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
2
L: IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN)
H: IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

L: IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN)
H: IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,05420
ポリマ－96,4184
非ポリマー1,63616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area11190 Å2
ΔGint-348 kcal/mol
Surface area38530 Å2
手法PISA
3
L: IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN)
ヘテロ分子

L: IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN)
ヘテロ分子

H: IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN)

H: IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,05420
ポリマ－96,4184
非ポリマー1,63616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z+1/31
crystal symmetry operation5_665x-y+1,-y+1,-z+2/31
Buried area4420 Å2
ΔGint-384 kcal/mol
Surface area45300 Å2
手法PISA
4
L: IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN)
ヘテロ分子

H: IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,02710
ポリマ－48,2092
非ポリマー8188
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_665x-y+1,-y+1,-z+2/31
Buried area1910 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.251, 78.251, 158.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 IG ANTIBODY D2.3 (LIGHT CHAIN)


分子量: 24019.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8K0F8, UniProt: Q58EU8*PLUS
#2: 抗体 IG ANTIBODY D2.3 (HEAVY CHAIN)


分子量: 24189.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01863*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PDE / PARA-NITROPHENYL PHOSPHONOBUTANOYL D-ALANINE


分子量: 360.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17N2O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG600, ZnSO4, Cacodylate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 詳細: Gigant, B., (1998) J. Mol. Biol., 284, 741.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
230 %(v/v)PEG6001reservoir
340 mMzinc acetate1reservoir
4100 mMcacodylate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.963
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月8日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.963 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 43212 / Num. obs: 43212 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.0439 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 42817 / % possible obs: 94.7 % / Num. measured all: 106350 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YEC

1yec


解像度: 1.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1811954.89 / Data cutoff high rms absF: 1811954.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2180 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all-43212 --
obs-42809 94.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å21.01 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----1.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3389 0 31 151 3571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d28.7
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d1.69
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.871.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it3.022
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it2.992
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it4.332.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 283 5.2 %
Rwork0.275 5196 -
obs--98.7 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg28.7
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.871.5
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it2.992
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it3.022
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it4.332.5
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.275 / Rfactor obs: 0.275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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