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- PDB-1kmz: MOLECULAR BASIS OF MITOMYCIN C RESICTANCE IN STREPTOMYCES: CRYSTA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kmz
タイトルMOLECULAR BASIS OF MITOMYCIN C RESICTANCE IN STREPTOMYCES: CRYSTAL STRUCTURES OF THE MRD PROTEIN WITH AND WITHOUT A DRUG DERIVATIVE
要素mitomycin-binding protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Mitomycin C / antibiotic resistance / SAD / anomalous diffraction / domain swapping / p-staking
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitomycin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lavendulae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Martin, T.W. / Dauter, Z. / Devedjiev, Y. / Sheffield, P. / Jelen, F. / He, M. / Sherman, D. / Otlewski, J. / Derewenda, Z.S. / Derewenda, U.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Molecular basis of mitomycin C resistance in streptomyces: structure and function of the MRD protein.
著者: Martin, T.W. / Dauter, Z. / Devedjiev, Y. / Sheffield, P. / Jelen, F. / He, M. / Sherman, D.H. / Otlewski, J. / Derewenda, Z.S. / Derewenda, U.
履歴
登録2001年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mitomycin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3951
ポリマ－14,3951
非ポリマー00
水3,063170
1
A: mitomycin-binding protein

A: mitomycin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7902
ポリマ－28,7902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
2
A: mitomycin-binding protein

A: mitomycin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7902
ポリマ－28,7902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3260 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)44.508, 60.651, 43.776
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.97, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the crystallographyc two fold axis

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要素

#1: タンパク質 mitomycin-binding protein / Mrd / Mitomycin resistance protein D


分子量: 14395.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL221(DE3) / 参照: UniProt: O05205
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, MES buffer, beta-octylglucoside, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION at 298K, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13 mg/mlprotein11
255 %ammonium sulfate11
3100 mMMES11pH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 17820 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.15 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. measured all: 74125 / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1KLL

1kll


解像度: 1.5→10 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1478 9 %RANDOM
obs0.163 -99.9 %-
all-16273 --
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Num. disordered residues: 5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数982 0 0 170 1152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.8
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.163 / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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