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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kmp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Outer Membrane Transporter FecA Complexed with Ferric Citrate | ||||||
要素 | IRON(III) DICITRATE TRANSPORT PROTEIN FECA | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Integral outer membrane protein / TonB-dependent receptor / Siderophore / Iron | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to iron ion starvation / siderophore-iron transmembrane transporter activity / siderophore-dependent iron import into cell / signal transduction involved in regulation of gene expression / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / regulation of DNA-templated transcription / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ferguson, A.D. / Chakraborty, R. / Smith, B.S. / Esser, L. / van der Helm, D. / Deisenhofer, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2002 タイトル: Structural basis of gating by the outer membrane transporter FecA. 著者: Ferguson, A.D. / Chakraborty, R. / Smith, B.S. / Esser, L. / van der Helm, D. / Deisenhofer, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kmp.cif.gz | 157.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kmp.ent.gz | 120.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kmp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kmp_validation.pdf.gz | 459 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kmp_full_validation.pdf.gz | 501.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kmp_validation.xml.gz | 33.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kmp_validation.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/1kmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/1kmp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly of this protein is a monomer which is complete within the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86109.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FERRIC CITRATE UPTAKE RECEPTOR / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: k-12 / 遺伝子: fecA / プラスミド: pSV66 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UT5600 / 参照: UniProt: P13036 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-LDA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 % |
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結晶化 | 温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 1000, MOPS, sodium chloride, LDAO, heptane-1,2,3-triol, glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Smith, B.S., (1998) Acta Cryst., D54, 697., Doublie, S., (1997) Methods Enzymol., 276, 532. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0003 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月1日 / 詳細: Synchrotron |
放射 | モノクロメーター: Synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 57464 / Num. obs: 57464 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / % possible all: 0.723 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 34980 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: Phase information was derived from an additional selenomethionyl derivative 解像度: 2.5→36.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 470835.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.6268 Å2 / ksol: 0.375823 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.39 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.353 |