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- PDB-1klk: CRYSTAL STRUCTURE OF PNEUMOCYSTIS CARINII DIHYDROFOLATE REDUCTASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1klk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PNEUMOCYSTIS CARINII DIHYDROFOLATE REDUCTASE TERNARY COMPLEX WITH PT653 AND NADPH
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structure-based design / antifolate / AIDS / protein-inhibitor complex / NADP / One-carbon metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Chem-PMD / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pneumocystis carinii (ニューモシスチス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Rosowsky, A. / Queener, S.F.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure-based enzyme inhibitor design: modeling studies and crystal structure analysis of Pneumocystis carinii dihydrofolate reductase ternary complex with PT653 and NADPH.
著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Rosowsky, A. / Queener, S.F.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural Studies on Bioactive Compounds. 30. Crystal Structure and Molecular Modeling Studies on the Pneumocystis carinii Dihydrofolate Reductase Cofactor Complex with TAB, a Highly Selective Antifolate
著者: Cody, V. / Chan, D. / Galitsky, N. / Rak, D. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Queener, S.F. / Laughton, C.A. / Stevens, M.F.G.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Ligand-Induced Conformational Changes in the Crystal Structure of Pneumocystis carinii Dihydrofolate Reductase Complexes With Folate and NADP+
著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Rak, D. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Queener, S.F.
履歴
登録2001年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0313
ポリマ－23,9191
非ポリマー1,1132
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.836, 43.138, 59.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 23918.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pneumocystis carinii (ニューモシスチス)
属: Rattus / 器官: lung / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16184, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-PMD / [N-(2,4-DIAMINOPTERIDIN-6-YL)-METHYL]-DIBENZ[B,F]AZEPINE / PT-653


分子量: 367.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17N7
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: PEG 2000MME, KCl, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
13 mg/mlprotein11
220 %(w/v)PEG2000 MME11
3100 mM11KCl
450 mMMES11pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418,1.5621,1.7321
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.56211
31.73211
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 9597 / Num. obs: 5861 / % possible obs: 61.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Mean I/σ(I) obs: 23.4 / Num. unique all: 8889 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 89.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.289 640 Random
Rwork0.196 --
all0.196 9597 -
obs0.289 5861 -
原子変位パラメータBiso mean: 44.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1661 0 76 33 1770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.52
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Refine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3-2.38X-RAY DIFFRACTION41350.2
2.5-2.59X-RAY DIFFRACTION57889.5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. reflection obs: 5802 / Num. reflection Rfree: 634
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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