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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kkw | ||||||||||||||||||
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タイトル | NMR Solution Structure of d(CCATGCGTGG)2, G-T mismatch structure | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / g-t mismatch / dynamics / spin relaxation / order parameter / helical parameter / sequence dependent structure / sequence dependent dynamics | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Isaacs, R.J. / Spielmann, H.P. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 | タイトル: Structural differences in the NOE-derived structure of G-T mismatched DNA relative to normal DNA are correlated with differences in (13)C relaxation-based internal dynamics. 著者: Isaacs, R.J. / Rayens, W.S. / Spielmann, H.P. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kkw.cif.gz | 251.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kkw.ent.gz | 206 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kkw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kkw_validation.pdf.gz | 309 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kkw_full_validation.pdf.gz | 422.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kkw_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kkw_validation.cif.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kkw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3061.003 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized from phosphoramadites on solid support |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
-試料調製
詳細 | 内容: 4 mM double strand DNA / 溶媒系: 99.96% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 200 mM NaCl, 20 mM NaPO4, 10 mM NaN3, 0.1 mM EDTA pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted, back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |