[日本語] English
万見
- PDB-1kk8: SCALLOP MYOSIN (S1-ADP-BeFx) IN THE ACTIN-DETACHED CONFORMATION -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kk8
タイトルSCALLOP MYOSIN (S1-ADP-BeFx) IN THE ACTIN-DETACHED CONFORMATION
要素
  • Myosin Essential Light Chain,Striated adductor muscle
  • Myosin Heavy Chain, Striated muscle
  • Myosin Regulatory Light Chain, Striated adductor muscle
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / actin-detached / Myosin / Mechanics of MOTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle myosin complex / myosin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myofibril / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like ...Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Myosin essential light chain, striated adductor muscle / Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / Myosin heavy chain, striated muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Argopecten irradians (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Himmel, M. / Gourinath, S. / Reshetnikova, L. / Shen, Y. / Szent-Gyorgyi, G. / Cohen, C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Crystallographic findings on the internally uncoupled and near-rigor states of myosin: further insights into the mechanics of the motor.
著者: Himmel, D.M. / Gourinath, S. / Reshetnikova, L. / Shen, Y. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: ATOMIC STRUCTURE OF SCALLOP MYOSIN SUBFRAGMENT S1 COMPLEXED WITH MGADP: A NOVEL CONFORMATION OF THE MYOSIN HEAD
著者: HOUDUSSE, A. / KALABOKIS, V. / HIMMEL, D. / SZENT-GYORGYI, A.G. / COHEN, C.
履歴
登録2001年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32016年6月1日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myosin Heavy Chain, Striated muscle
B: Myosin Regulatory Light Chain, Striated adductor muscle
C: Myosin Essential Light Chain,Striated adductor muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4979
ポリマ－128,8233
非ポリマー6746
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area50830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.604, 58.527, 133.295
Angle α, β, γ (deg.)81.08, 84.94, 67.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Myosin Heavy Chain, Striated muscle


分子量: 95543.750 Da / 分子数: 1 / 断片: MYOSIN HEAVY CHAIN / 変異: FRAGMENT: PAPAIN DIGESTED, SUBFRAGMENT 1 (S1) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P24733
#2: タンパク質 Myosin Regulatory Light Chain, Striated adductor muscle / R-LC


分子量: 15888.021 Da / 分子数: 1 / 断片: MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P13543
#3: タンパク質 Myosin Essential Light Chain,Striated adductor muscle / E-LC


分子量: 17391.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 株: BAY SCALLOP / 参照: UniProt: P07291

-
非ポリマー , 6種, 191分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 20000, magnesium chloride, ethylene glycol, Tris HCl, ADP-berillium floride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / PH range low: 9 / PH range high: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115-20 mg/mlprotein1drop
267.5 mMTris1reservoirpH8.5-9.0
36.2-6.6 %(w/v)PEG200001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9298 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rh-coated with Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9298 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 62330 / Num. obs: 49703 / % possible obs: 79.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4527 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 72.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.7 % / Rmerge(I) obs: 0.247

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1B7T

1b7t


解像度: 2.3→29.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 145691422.33 / Data cutoff high rms absF: 145691422.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 2519 5.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.234 49703 --
obs0.234 49196 77.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.7641 Å2 / ksol: 0.335473 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.93 Å20.63 Å29.18 Å2
2--10.55 Å2-10.21 Å2
3----7.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-40 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8477 0 40 185 8702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.86
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 346 5.2 %
Rwork0.309 6336 -
obs-6682 63.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4NEWBEF.PARNEWBEF.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GOL.PARGOL.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.234 / Rfactor Rfree: 0.269 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.86
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.368 / Rfactor Rwork: 0.309

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る