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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1khx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a phosphorylated Smad2 | ||||||
![]() | Smad2![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() zygotic specification of dorsal/ventral axis / regulation of binding / homomeric SMAD protein complex / paraxial mesoderm morphogenesis / activin responsive factor complex / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, J.-W. / Hu, M. / Chai, J. / Seoane, J. / Huse, M. / Kyin, S. / Muir, T.W. / Fairman, R. / Massague, J. / Shi, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a phosphorylated Smad2. Recognition of phosphoserine by the MH2 domain and insights on Smad function in TGF-beta signaling. 著者: Wu, J.W. / Hu, M. / Chai, J. / Seoane, J. / Huse, M. / Li, C. / Rigotti, D.J. / Kyin, S. / Muir, T.W. / Fairman, R. / Massague, J. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 25540.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 詳細: used macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月18日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→99 Å / Num. all: 22832 / Num. obs: 22718 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 99.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 122780 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.18 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.215 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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