PDB-1khw: Crystal Structure of Rabbit Hemorrhagic Disease Virus RNA-depende...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1khw

タイトル

Crystal Structure of Rabbit Hemorrhagic Disease Virus RNA-dependent RNA polymerase complexed with Mn2+

要素

RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

キーワード

TRANSFERASE / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell endoplasmic reticulum / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Ng, K.K. / Cherney, M.M. / Vazquez, A.L. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F. / James, M.N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of active and inactive conformations of a caliciviral RNA-dependent RNA polymerase.
著者: Ng, K.K. / Cherney, M.M. / Vazquez, A.L. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F. / James, M.N.

履歴

登録	2001年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1khw.cif.gz	199.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1khw.ent.gz	161.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1khw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1khw_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1khw_full_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示
XML形式データ	1khw_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	1khw_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/1khw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/1khw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1khvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1khv-1 2ckw-d 2uuw-d 4nru-4 4nlr-d 3ur0-1 1sh0-2 4nru-2 1sh0-1 2b43-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.694, 119.845, 159.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 分子量: 57831.375 Da / 分子数: 2 / 断片: (RESIDUES 1252-1767) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス) 属: Lagovirus / プラスミド: pGEX-3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P27410, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, sodium HEPES, manganese chloride glycerol, hexanediol, 3'-deoxy-ATP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	15 mg/ml	protein	1	drop
2	10-12 %	PEG8000	1	reservoir
3	0.1 M	Tris-Cl	1	reservoir	pH7.5
4	0.2 M	sodium thiocyanate	1	reservoir
5	0.1 M	L-proline	1	reservoir
6	15 %(w/v)	glycerol	1	reservoir
7	7 %(v/v)	1,6-hexanediol	1	reservoir
8	0.1 %(w/v)	CHAPS	1	reservoir
9	5 mM		1	reservoir		LuCl3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月14日 / 詳細: Osmic mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 37963 / Num. obs: 37963 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 69 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3733 / R_sym value: 0.722 / % possible all: 100
反射	PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. measured all*: 219584
反射シェル	PLUS % possible obs*: 100 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
DENZO		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→31.16 Å / SU ML: 250.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.1 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Grouped TLS refinement was used, with individual domains refined as a single group.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26747	3795	10 %	RANDOM
R_work	0.23789	-	-	-
all	0.241	38016	-	-
obs	0.24081	34165	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→31.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7776	0	4	44	7824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	7950
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.426	1.96	10763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.161	3	987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.422	15	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.166	0.3	3675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.5	497
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.128	0.3	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.116	2	4939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.905	2.5	7970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.623	3.5	3011
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.119	4.5	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	281	-
R_work	0.288	-	-
obs	-	2765	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.1637	-0.8847	-2.2632	1.9202	-0.1487	3.0609	-0.3476	1.342	0.6346	-0.3084	0.0572	0.1263	0.1658	-0.4162	0.2903	0.2381	-0.1187	-0.1694	0.4029	0.3427	0.553	9.6083	82.4495	1.4684
2	2.5742	-1.0759	1.2778	3.6111	-0.7049	2.234	-0.0814	-0.0946	0.3444	0.1131	0.1251	0.1271	-0.1455	-0.2235	-0.0437	0.0499	-0.0617	-0.0481	0.1499	0.0958	0.1105	11.2487	69.4549	20.446
3	5.041	0.2094	1.4918	4.6693	-0.3557	2.6116	-0.0345	0.564	-0.4207	-1.0745	0.0726	-0.3139	0.6021	0.2693	-0.038	0.3951	-0.0472	-0.0272	0.1327	0.0243	0.0334	21.5927	51.3894	7.4596
4	5.5941	4.0705	-2.6485	8.2504	-4.4766	3.5638	-0.1083	0.4556	0.2792	-0.4402	0.1033	-0.5108	0.3529	-0.0873	0.005	0.0828	0.0117	0.1048	0.3165	0.2461	0.381	36.7607	76.0313	1.2335
5	8.559	10.4496	1.7976	15.3698	1.2422	0.8948	-0.5764	0.0415	0.3256	-1.0591	0.4851	0.4514	-0.1216	-0.1855	0.0913	0.3386	-0.0118	-0.0725	0.2873	-0.0299	0.0313	33.2265	78.4217	39.2672
6	2.7024	0.0289	0.1647	6.3314	0.3884	2.8205	-0.1708	-0.5756	-0.3361	1.3167	0.4461	-0.5432	0.3913	0.1207	-0.2753	0.4768	0.1499	-0.2085	0.3193	-0.0215	0.0983	37.3752	67.4648	58.4862
7	8.6946	1.2661	-0.2808	10.2502	2.0944	1.5259	-0.0307	0.0903	-1.3046	0.0716	0.6179	-2.9902	0.0618	0.8422	-0.5872	0.4172	0.3371	-0.3715	0.6913	-0.4006	1.4157	60.9316	63.7123	52.9588
8	5.2624	-0.3956	2.3992	6.814	0.6817	3.5619	0.0376	-0.0529	-0.516	-0.0354	0.5272	-1.1135	0.0984	0.3577	-0.5648	0.1683	0.0474	-0.0541	0.1805	-0.2054	0.3319	54.7931	92.9375	49.6469

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 65	5 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	66 - 215	66 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	252 - 312	252 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	216 - 251	216 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	313 - 400	313 - 400
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	401 - 501	401 - 501
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	5 - 65	5 - 65
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	66 - 215	66 - 215
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	252 - 312	252 - 312
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	216 - 251	216 - 251
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	313 - 400	313 - 400
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	401 - 501	401 - 501

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 31.2 Å / σ(F): 0 / % reflection R_free: 10 % / R_factor obs: 0.235 / R_factor R_free: 0.27

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.25
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.318 / R_factor R_work: 0.288

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関連情報:EMDBヘッダ

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