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- PDB-1khw: Crystal Structure of Rabbit Hemorrhagic Disease Virus RNA-depende... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1khw | ||||||
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Title | Crystal Structure of Rabbit Hemorrhagic Disease Virus RNA-dependent RNA polymerase complexed with Mn2+ | ||||||
![]() | RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / RNA-dependent RNA polymerase | ||||||
Function / homology | ![]() calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity ...calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ng, K.K. / Cherney, M.M. / Vazquez, A.L. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F. / James, M.N. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of active and inactive conformations of a caliciviral RNA-dependent RNA polymerase. Authors: Ng, K.K. / Cherney, M.M. / Vazquez, A.L. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F. / James, M.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 195.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 164.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 458.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 57831.375 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: (RESIDUES 1252-1767) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: PEG 8000, sodium HEPES, manganese chloride glycerol, hexanediol, 3'-deoxy-ATP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 105 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 14, 2001 / Details: Osmic mirrors |
Radiation | Monochromator: Osmic mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→40 Å / Num. all: 37963 / Num. obs: 37963 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3733 / Rsym value: 0.722 / % possible all: 100 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 40 Å / Num. measured all: 219584 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 100 % |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Grouped TLS refinement was used, with individual domains refined as a single group.
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Displacement parameters | Biso mean: 28.407 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→31.16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Software | *PLUS Name: REFMAC / Version: 5 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 31.2 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.235 / Rfactor Rfree: 0.27 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.318 / Rfactor Rwork: 0.288 |