PDB-1khv: Crystal Structure of Rabbit Hemorrhagic Disease Virus RNA-depende...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1khv

タイトル

Crystal Structure of Rabbit Hemorrhagic Disease Virus RNA-dependent RNA polymerase complexed with Lu3+

要素

RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

キーワード

TRANSFERASE / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell endoplasmic reticulum / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ng, K.K. / Cherney, M.M. / Vazquez, A.L. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F. / James, M.N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of active and inactive conformations of a caliciviral RNA-dependent RNA polymerase.
著者: Ng, K.K. / Cherney, M.M. / Vazquez, A.L. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F. / James, M.N.

履歴

登録	2001年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1khv.cif.gz	201.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1khv.ent.gz	163.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1khv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1khv_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1khv_full_validation.pdf.gz	468.8 KB	表示
XML形式データ	1khv_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	1khv_validation.cif.gz	52.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/1khv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/1khv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1khwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1khw-2 1khw-1 1sh0-2 3upf-1 4nru-4 4nru-2 2b43-4 3ur0-1 1xr7-2 2b43-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.300, 119.100, 158.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 57831.375 Da / 分子数: 2 / 断片: (RESIDUES 1252-1767) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス) 属: Lagovirus / プラスミド: pGEX-3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P27410, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU 分子量: 174.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Lu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.16 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, potassium thiocyanate, L-proline, glycerol, hexanediol, CHAPS, lutetium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	15 mg/ml	protein	1	drop
2	10-12 %	PEG8000	1	reservoir
3	0.1 M	Tris-Cl	1	reservoir	pH7.5
4	0.2 M	sodium thiocyanate	1	reservoir
5	0.1 M	L-proline	1	reservoir
6	15 %(w/v)	glycerol	1	reservoir
7	7 %(v/v)	1,6-hexanediol	1	reservoir
8	0.1 %(w/v)	CHAPS	1	reservoir
9	5 mM		1	reservoir		LuCl3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 42943 / Num. obs: 42943 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 54 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 5587 / R_sym value: 0.254 / % possible all: 82.4
反射	PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. measured all*: 125565
反射シェル	PLUS 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs*: 82.4 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
CNS		精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→34.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / SU ML: 189.774 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Grouped TLS refinement was used, with individual domains refined as a single group.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26535	1306	3.1 %	RANDOM
R_work	0.21676	-	-	-
all	0.22	42943	-	-
obs	0.21819	41361	88 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.167 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.89 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7776	0	2	161	7939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	7947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.335	1.96	10761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.289	3	987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.868	15	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.3	4023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.5	585
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.3	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.166	0.5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.505	2	4937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.642	2.5	7970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.916	3.5	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.698	4.5	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	85	-
R_work	0.257	2615	-
obs	-	2615	76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.594	0.1991	-1.3075	1.8059	-0.161	0.6694	-0.2582	1.0619	0.6007	-0.1365	0.1829	0.234	0.2128	-0.2986	0.0753	0.1452	-0.0314	-0.0646	0.4175	0.2809	0.416	9.7796	81.9325	1.6536
2	1.9786	-0.7895	0.8158	3.0114	-0.8772	2.0381	-0.0987	-0.0949	0.367	0.1978	0.1729	0.0708	-0.2283	-0.2701	-0.0742	0.0661	-0.0226	0.0195	0.1466	0.0555	0.1233	11.1974	69.0032	20.6918
3	3.8262	0.2326	0.3391	2.4942	0.2109	2.0881	-0.0486	0.4393	-0.1003	-0.5534	0.0761	-0.2454	0.2491	0.0403	-0.0275	0.2206	-0.0701	-0.0077	0.0768	0.0198	0.0407	21.462	50.9174	7.8441
4	2.2936	1.8098	-1.2261	5.9602	-2.4185	1.7481	-0.021	0.3058	0.1501	-0.0626	-0.0292	-0.5417	0.1438	-0.1125	0.0501	0.0384	-0.0178	0.0459	0.2646	0.1915	0.4144	36.6841	75.4961	1.5827
5	7.6581	10.6742	0.1519	15.0551	0.4574	0.9728	-0.5351	0.4534	0.4337	-0.7438	0.6373	0.7536	0.0061	-0.2016	-0.1022	0.2733	-0.009	-0.0884	0.2683	0.0747	0.0641	32.7237	77.5881	38.9817
6	2.5313	1.1378	0.3911	3.8273	-0.256	2.2167	0.1096	-0.3174	-0.2996	0.6021	-0.0138	-0.3195	0.1299	-0.0396	-0.0959	0.2614	-0.008	-0.0817	0.1917	0.0123	0.0505	36.9241	66.813	58.4039
7	5.4781	2.6409	-0.4823	5.5473	1.5121	2.5384	0.1644	0.016	-1.3943	0.2401	0.2909	-1.9454	0.3902	0.562	-0.4554	0.2475	0.1853	-0.1824	0.2996	-0.1871	0.9105	60.3838	62.7316	52.851
8	2.9609	-0.0836	0.9646	5.1792	0.0628	1.9256	-0.2028	0.0663	-0.2399	-0.0571	0.3996	-0.5017	-0.0029	0.1723	-0.1969	0.1231	0.0244	0.0376	0.1172	-0.1084	0.131	54.3967	91.9627	49.0953

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 65	5 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	66 - 215	66 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	252 - 312	252 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	216 - 251	216 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	313 - 400	313 - 400
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	401 - 501	401 - 501
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	5 - 65	5 - 65
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	66 - 215	66 - 215
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	252 - 312	252 - 312
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	216 - 251	216 - 251
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	313 - 400	313 - 400
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	401 - 501	401 - 501

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 10 % / R_factor obs: 0.218 / R_factor R_free: 0.268

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.19
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.367 / R_factor R_work: 0.257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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