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- PDB-1khu: Smad1 crystal structure reveals the details of BMP signaling pathway -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1khu
タイトルSmad1 crystal structure reveals the details of BMP signaling pathway
要素SMAD1
キーワードTRANSCRIPTION / beta-strand sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


mesodermal cell fate commitment / homomeric SMAD protein complex / osteoblast fate commitment / SMAD protein complex / RUNX2 regulates bone development / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of cartilage development / DEAD/H-box RNA helicase binding ...mesodermal cell fate commitment / homomeric SMAD protein complex / osteoblast fate commitment / SMAD protein complex / RUNX2 regulates bone development / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of cartilage development / DEAD/H-box RNA helicase binding / primary miRNA binding / gamete generation / hindbrain development / cardiac conduction system development / primary miRNA processing / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / embryonic pattern specification / I-SMAD binding / cartilage development / nuclear inner membrane / Cardiogenesis / positive regulation of dendrite development / ureteric bud development / positive regulation of sprouting angiogenesis / midbrain development / anatomical structure morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / ossification / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / male germ cell nucleus / stem cell differentiation / bone development / positive regulation of miRNA transcription / osteoblast differentiation / MAPK cascade / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / intracellular iron ion homeostasis / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type ...Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Qin, B.Y. / Lin, K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Structural basis of Smad1 activation by receptor kinase phosphorylation.
著者: Qin, B.Y. / Chacko, B.M. / Lam, S.S. / de Caestecker, M.P. / Correia, J.J. / Lin, K.
履歴
登録2001年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMAD1
B: SMAD1
C: SMAD1
D: SMAD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1824
ポリマ－98,1824
非ポリマー00
水10,557586
1
A: SMAD1
B: SMAD1
C: SMAD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6373
ポリマ－73,6373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6970 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
2
D: SMAD1

D: SMAD1

D: SMAD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6373
ポリマ－73,6373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.129, 138.129, 199.340
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
SMAD1


分子量: 24545.607 Da / 分子数: 4 / 断片: DWB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15797
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: alcohol, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMMES1reservoirpH6.0
26 %ethanol1reservoir
320 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 47621 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.69 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4058 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / % possible obs: 96.8 % / Num. measured all: 77509
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.351

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Smad4 active fragment homotrimer

解像度: 2.5→38 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 2297 -4.7
Rwork0.239 ---
all-45958 --
obs-45958 93.8 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.45 Å23.7 Å20 Å2
2---2.45 Å20 Å2
3---4.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6186 0 0 586 6772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00751
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.397
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 38 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.239
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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