ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
XDS | | データ削減 | AMoRE | | 位相決定 | CNS | 0.9 | 精密化 | XDS | | データスケーリング |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1NKS 解像度: 2.5→33.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 961139.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.253 | 3917 | 10 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.22 | - | - | - |
---|
all | 0.2201 | 39038 | - | - |
---|
obs | 0.2201 | 39001 | 84.2 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.0305 Å2 / ksol: 0.33593 e/Å3 |
---|
Refine analyze | | Free | Obs |
---|
Luzzati coordinate error | 0.36 Å | 0.31 Å |
---|
Luzzati d res low | - | 5 Å |
---|
Luzzati sigma a | 0.35 Å | 0.32 Å |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.42 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 4419 | 0 | 46 | 179 | 4644 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.77 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.22 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.21 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.42 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.24 | 2.5 | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.309 | 665 | 10.1 % |
---|
Rwork | 0.289 | 5915 | - |
---|
obs | - | - | 86.3 % |
---|
|
---|
Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
---|
X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ADENOSINE.PARAMAMP.TOPOLOGY | | | | | |
|
---|
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rwork: 0.22 |
---|
溶媒の処理 | *PLUS |
---|
原子変位パラメータ | *PLUS |
---|
拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg21.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.77 | | | | |
|
---|