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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1khk | ||||||
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タイトル | E. COLI ALKALINE PHOSPHATASE MUTANT (D153HD330N) | ||||||
![]() | Alkaline Phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / ALKALINE PHOSPHATASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / phosphoprotein phosphatase activity / dephosphorylation / protein dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / magnesium ion binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Le Du, M.H. / Lamoure, C. / Muller, B.H. / Bulgakov, O.V. / Lajeunesse, E. / Menez, A. / Boulain, J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Artificial evolution of an enzyme active site: structural studies of three highly active mutants of Escherichia coli alkaline phosphatase. 著者: Le Du, M.H. / Lamoure, C. / Muller, B.H. / Bulgakov, O.V. / Lajeunesse, E. / Menez, A. / Boulain, J.C. #1: ![]() タイトル: Reaction Mechanism of Alkaline Phosphatase Based on Crystal Structures. Two-Metal Ion Catalysis 著者: Kim, E.E. / Wyckoff, H.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.00713, 0.999974, -0.001354), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47115.484 Da / 分子数: 2 / 変異: D153H, D330N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: ammonium sulfate, magnesium chloride, zinc sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1996年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 33240 / Num. obs: 33240 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.0704 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / Rsym value: 0.206 / % possible all: 80 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.0704 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.206 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KH4 解像度: 2.5→10 Å / 交差検証法: IMPLOR-CYCLING TEST SETS / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: XPLOR
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.32 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.306 / Rfactor obs: 0.306 |