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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kgz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the Anthranilate Phosphoribosyltransferase from Erwinia carotovora (current name, Pectobacterium carotovorum) | ||||||
![]() | Anthranilate phosphoribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / type 3 prt fold / nucleotide binding fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, C. / Xuong, N.-H. / Edwards, S. / Madhusudan / Yee, M.-C. / Spraggon, G. / Mills, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Anthranilate Phosphoribosyltransferase from the Enterobacterium Pectobacterium carotovorum 著者: Kim, C. / Xuong, N.-H. / Edwards, S. / Madhusudan / Yee, M.-C. / Spraggon, G. / Mills, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37057.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trpD / プラスミド: pUC13 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8VP84, anthranilate phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3000, MnCl2, glutamine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年8月7日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 25162 / Num. obs: 24349 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 25 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 37.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique all: 2394 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 98.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 20457 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.398 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.44 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.2643 / Rfactor Rwork: 0.2125 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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