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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kge | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE ASN 170 MET MUTANT | ||||||
要素 | BETA-LACTAMASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / PLASMID / TRANSPOSABLE ELEMENT / BETA-LACTAMASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, C.C.H. / Zawadzke, L.E. / Herzberg, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Elimination of the hydrolytic water molecule in a class A beta-lactamase mutant: crystal structure and kinetics. 著者: Zawadzke, L.E. / Chen, C.C. / Banerjee, S. / Li, Z. / Wasch, S. / Kapadia, G. / Moult, J. / Herzberg, O. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Structure and Kinetics of the Beta-Lactamase Mutants S70A and K73H from Staphylococcus Aureus Pc1 著者: Chen, C.C. / Smith, T.J. / Kapadia, G. / Wasch, S. / Zawadzke, L.E. / Coulson, A. / Herzberg, O. #2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1995 タイトル: An Engineered Staphylococcus Aureus Pc1 Beta-Lactamase that Hydrolyses Third-Generation Cephalosporins 著者: Zawadzke, L.E. / Smith, T.J. / Herzberg, O. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Refined Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.0 著者: Herzberg, O. #4: ジャーナル: Science / 年: 1987 タイトル: Bacterial Resistance to Beta-Lactam Antibiotics: Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.5 A Resolution 著者: Herzberg, O. / Moult, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kge.cif.gz | 65.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kge.ent.gz | 47.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kge.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kge_validation.pdf.gz | 366.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kge_full_validation.pdf.gz | 369.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kge_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kge_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kge | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28991.500 Da / 分子数: 1 / 変異: N170M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: PC1 / 解説: INDUCIBLE TRC PROMOTER / 遺伝子: BLAZ / プラスミド: PTS32 / 遺伝子 (発現宿主): BLAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00807, beta-lactamase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | RESIDUE NUMBERING IS BASED ON AMBLER, 1979 (R. P. AMBLER, BETA-LACTAMASES, J. M. T. HAMILTON-MILLER ...RESIDUE NUMBERING IS BASED ON AMBLER, 1979 (R. P. AMBLER, BETA-LACTAMASES |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年4月11日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 19020 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 89328 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 42 % / Rmerge(I) obs: 0.347 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |