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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kfv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Lactococcus lactis Formamido-pyrimidine DNA Glycosylase (alias Fpg or MutM) Non Covalently Bound to an AP Site Containing DNA. | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / DNA repair enzyme / Abasic site / DNA / N-glycosylase / AP lyase / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Serre, L. / Pereira de Jesus, K. / Boiteux, S. / Zelwer, C. / Castaing, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Lactococcus lactis formamidopyrimidine-DNA glycosylase bound to an abasic site analogue-containing DNA. 著者: Serre, L. / Pereira de Jesus, K. / Boiteux, S. / Zelwer, C. / Castaing, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ee8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 4分子 DGEH
#1: DNA鎖 | 分子量: 3683.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: contains a 1,3 propanediol site (PDI) #2: DNA鎖 | 分子量: 4066.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 31263.736 Da / 分子数: 2 / Mutation: P1G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P42371, DNA-formamidopyrimidine glycosylase |
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-非ポリマー , 3種, 58分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: PEG4K, LiSO4, TCEP, Tris-HCl, spermidine, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7.6 / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si (111) crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9788 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.54→25 Å / Num. all: 22185 / Num. obs: 21897 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.54→2.67 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.209 / % possible all: 94.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.288 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Molecular replacement combined with MAD 開始モデル: PDB ENTRY 1EE8 解像度: 2.55→25 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: free R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: NCS restraints have been considered during refinement. THERE ARE TWO POSSIBLE POSITIONS FOR THE ZN ATOM IN MOLECULE B (SEE AZN and BZN).
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.57 Å / Total num. of bins used: 43
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.251 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.4 | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.38 / Rfactor Rwork: 0.35 |