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- PDB-1kfp: Solution structure of the antimicrobial 18-residue gomesin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kfp
タイトルSolution structure of the antimicrobial 18-residue gomesin
要素GOMESIN
キーワードANTIBIOTIC / hairpin-like / beta-sheet / disulfide bridges
機能・相同性defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / Gomesin
機能・相同性情報
生物種Acanthoscurria gomesiana (クモ)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing energy minimization
データ登録者Mandard, N. / Bulet, P. / Caille, A. / Daffre, S. / Vovelle, F.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / : 2002
タイトル: The solution structure of gomesin, an antimicrobial cysteine-rich peptide from the spider.
著者: Mandard, N. / Bulet, P. / Caille, A. / Daffre, S. / Vovelle, F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2000
タイトル: Isolation and characterization of gomesin, an 18-residue cysteine-rich defense peptide from the spider Acanthoscurria gomesiana hemocytes with sequence similarities to horseshoe crab ...タイトル: Isolation and characterization of gomesin, an 18-residue cysteine-rich defense peptide from the spider Acanthoscurria gomesiana hemocytes with sequence similarities to horseshoe crab antimicrobial peptides of the tachyplesin family
著者: Silva, P.I. / Daffre, S. / Bulet, P.
履歴
登録2001年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_poly / pdbx_entity_src_syn ...entity_poly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.details ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GOMESIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2801
ポリマ-2,2801
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GOMESIN


分子量: 2279.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acanthoscurria gomesiana (クモ) / 参照: UniProt: P82358
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D NOESY
131clean-TOCSY
1422D NOESY
152Clean-TOCSY
2612D NOESY
271Clean-TOCSY
NMR実験の詳細Text: This solution structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13.3mM Gomesin90% H2O/10% D2O
23.3mM Gomesin100% D2O
試料状態
Conditions-IDpH (kPa)温度 (K)
13.5ambient 278 K
23.5ambient 285 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
VNMR6.1Varian, Inc.解析
精密化手法: distance geometry simulated annealing energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: The 20 structures are based on a total of 289 restraints, 279 are NOE-derived distance constraints, 4 are used for hydrogen bonds modelling and 6 (i.e. 2x3) are used for disulfide bridge ...詳細: The 20 structures are based on a total of 289 restraints, 279 are NOE-derived distance constraints, 4 are used for hydrogen bonds modelling and 6 (i.e. 2x3) are used for disulfide bridge modelling. No dihedral angle restraints used.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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