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- PDB-1kfa: Crystal structure of Fab fragment complexed with gibberellin A4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kfa
タイトルCrystal structure of Fab fragment complexed with gibberellin A4
要素
  • monoclonal antibody heavy chain
  • monoclonal antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobuiln fold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / GIBBERELLIN A4
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Murata, T. / Fushinobu, S. / Nakajima, M. / Asami, O. / Sassa, T. / Wakagi, T. / Yamaguchi, I.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the liganded anti-gibberellin A(4) antibody 4-B8(8)/E9 Fab fragment.
著者: Murata, T. / Fushinobu, S. / Nakajima, M. / Asami, O. / Sassa, T. / Wakagi, T. / Yamaguchi, I.
#1: ジャーナル: PLANT CELL.PHYSIOL. / 年: 1991
タイトル: Monoclonal antibodies specific for non-derivatized gibberellins I
著者: Nakajima, M. / Yamaguchi, I. / Nagatani, A. / Kizawa, S. / Murofushi, N. / Furuya, N. / Takahashi, N.
履歴
登録2001年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年9月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: monoclonal antibody light chain
H: monoclonal antibody heavy chain
M: monoclonal antibody light chain
I: monoclonal antibody heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6956
ポリマ－95,0304
非ポリマー6652
水2,126118
1
L: monoclonal antibody light chain
H: monoclonal antibody heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8483
ポリマ－47,5152
非ポリマー3321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
2
M: monoclonal antibody light chain
I: monoclonal antibody heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8483
ポリマ－47,5152
非ポリマー3321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
3
L: monoclonal antibody light chain
H: monoclonal antibody heavy chain
ヘテロ分子

M: monoclonal antibody light chain
I: monoclonal antibody heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6956
ポリマ－95,0304
非ポリマー6652
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area9590 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area35910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.076, 150.146, 106.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 monoclonal antibody light chain


分子量: 23754.285 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 属: Homo / Cell (発現宿主): Hybridoma cell / 細胞内の位置 (発現宿主): ascitic fluid / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 monoclonal antibody heavy chain


分子量: 23760.887 Da / 分子数: 2 / 断片: Variable domain, constant domain 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 属: Homo / Cell (発現宿主): Hybridoma cell / 細胞内の位置 (発現宿主): ascitic fluid / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-GA4 / GIBBERELLIN A4


分子量: 332.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24O5 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K
結晶化
*PLUS
温度: 30 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %(v/v)glycerol1reservoir
212 %(w/v)PEG33501reservoir
30.06 MBis-Tris-HCl1reservoirpH6.5
48 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月19日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.62 Å / Num. all: 402565 / Num. obs: 402565 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3799 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. obs: 26460 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 402565
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ikf

1ikf


解像度: 2.8→39.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1685086.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 1192 5 %random
Rwork0.235 ---
all0.243 26440 --
obs0.261 23741 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.0048 Å2 / ksol: 0.373888 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3----0.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6511 0 48 118 6677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 194 5 %
Rwork0.242 --
obs-3709 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ga4.paramga4.top
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. reflection obs: 22549 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.296 / Rfactor Rwork: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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