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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kfa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Fab fragment complexed with gibberellin A4 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobuiln fold | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / GIBBERELLIN A4![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murata, T. / Fushinobu, S. / Nakajima, M. / Asami, O. / Sassa, T. / Wakagi, T. / Yamaguchi, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the liganded anti-gibberellin A(4) antibody 4-B8(8)/E9 Fab fragment. 著者: Murata, T. / Fushinobu, S. / Nakajima, M. / Asami, O. / Sassa, T. / Wakagi, T. / Yamaguchi, I. #1: ![]() タイトル: Monoclonal antibodies specific for non-derivatized gibberellins I 著者: Nakajima, M. / Yamaguchi, I. / Nagatani, A. / Kizawa, S. / Murofushi, N. / Furuya, N. / Takahashi, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 595.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 630.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ikfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23754.285 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23760.887 Da / 分子数: 2 / 断片: Variable domain, constant domain 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 30 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→39.62 Å / Num. all: 402565 / Num. obs: 402565 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3799 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 26460 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 402565 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1ikf 解像度: 2.8→39.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1685086.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.0048 Å2 / ksol: 0.373888 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. reflection obs: 22549 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.296 / Rfactor Rwork: 0.234 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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