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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kf8 | ||||||
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タイトル | Atomic resolution structure of RNase A at pH 8.8 | ||||||
要素 | pancreatic ribonuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE / RNase A / titration / pH / crystal / soaking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Berisio, R. / Sica, F. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Atomic resolution structures of ribonuclease A at six pH values. 著者: Berisio, R. / Sica, F. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Protein titration in the crystal state 著者: Berisio, R. / Lamzin, V.S. / Sica, F. / Wilson, K.S. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kf8.cif.gz | 74.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kf8.ent.gz | 55.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kf8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kf8_validation.pdf.gz | 407.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kf8_full_validation.pdf.gz | 407.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kf8_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kf8_validation.cif.gz | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kf8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8.8 詳細: 2-propanol, pH 8.8, LIQUID DIFFUSION, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: batch method / 詳細: Tilton Jr., R.F., (1992) Biochemistry, 31, 2469. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→30 Å / Num. all: 41621 / Num. obs: 41621 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2049 / % possible all: 94.9 |
反射 | *PLUS |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7rsa 解像度: 1.15→30 Å / Num. parameters: 11411 / Num. restraintsaints: 14195 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: PLEASE NOTE: CHOH 48 IS ALTERNATIVE ONLY TO THE A CONFORMER OF LYS 41.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-22 | ||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 899.84 / Occupancy sum non hydrogen: 1140.49 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.19 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 96 / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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