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- PDB-1kem: CATALYTIC ANTIBODY 28B4 FAB FRAGMENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kem
タイトルCATALYTIC ANTIBODY 28B4 FAB FRAGMENT
要素(28B4 FAB) x 2
キーワードCATALYTIC ANTIBODY / SULFIDE OXIDATION / MONOOXYGENASE / OXYGENATION / FAB / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ig gamma-1 chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hsieh-Wilson, L.C. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Insights into antibody catalysis: structure of an oxygenation catalyst at 1.9-angstrom resolution.
著者: Hsieh-Wilson, L.C. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1994
タイトル: An Efficient Antibody-Catalyzed Monooxygenation Reaction
著者: Hsieh, L.C. / Stephans, J.C. / Schultz, P.G.
履歴
登録1996年4月16日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 28B4 FAB
H: 28B4 FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3862
ポリマ－47,3862
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.200, 58.600, 43.400
Angle α, β, γ (deg.)95.30, 103.20, 93.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 28B4 FAB


分子量: 23994.625 Da / 分子数: 1 / 断片: VARIABLE REGIONS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS / 由来タイプ: 天然
詳細: THIS PROTEIN IS A FAB FRAGMENT PRODUCED UPON THE DIGESTION OF FULL-LENGTH MURINE MONOCLONAL ANTIBODY BY PAPAIN
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 28B4 / 株: BALB/C / 参照: PIR: PC4203
#2: 抗体 28B4 FAB


分子量: 23391.201 Da / 分子数: 1 / 断片: VARIABLE REGIONS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS / 由来タイプ: 天然
詳細: THIS PROTEIN IS A FAB FRAGMENT PRODUCED UPON THE DIGESTION OF FULL-LENGTH MURINE MONOCLONAL ANTIBODY BY PAPAIN
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 28B4 / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01868

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112.5 mg/mlFab1drop
210 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropNaCl
41 mMmethionine1drop
50.5 mMEDTA1drop
620 %PEG40001reservoir
710 %isopropanol1reservoir
80.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 21852 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 43
反射
*PLUS
Num. measured all: 51820
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 43 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0
詳細: RESIDUES SER H 126 - ALA H 135 DISPLAYED WEAK ELECTRON DENSITY AND ARE CONSIDERED DISORDERED IN THIS STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 -10 %
Rwork0.183 --
obs0.183 21852 98 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3335 0 0 0 3335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.875
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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